本书内容分为两个部分，第一部分收集北京中国第一历史档案馆、台北故宫博物院以及台北“中央研究院”历史语言研究所典藏自康熙六十一年至乾隆四十七年间历任巡台御史的全部奏折约400份左右；第二部分收集与清代巡台御史制度及巡台御史个人有直接关系的上谕和其他大臣的相关奏折作为“附录”。

李祖基，1952年生，福建莆田人，退休前在厦门大学台湾研究院任教。著有《近代台湾对外贸易研究》、《战后台湾四十年》、《台湾历史研究》，主编《台湾研究25年精粹》（历史篇）、《台湾研究新跨越·历史研究》，参与编撰《中国农民负担史》、《台湾历史纲要》、《福建移民史》等，发掘整理出版了《台湾志略》、《巡台录》、《蓉洲诗文稿选辑》、《东宁政事集》及《二·二八事件报刊资料汇编》等台湾历史文献资料，并在海峡两岸学术刊物上发表台湾史的研究论文数十篇。

清代巡台御史制度研究(代前言)
雍正朝
1．雍正元年五月二十日
巡台御史吴达礼等奏请台湾诸罗县北增设一县摺
2．雍正元年八月初六日
巡台御史吴达礼等纠参台湾府同知杨毓健失职摺
3．雍正元年十一月十六日
巡台御史黄叔礅奏请圣安摺
4．雍正二年闰四月二十一日
巡台御史禅济布等奏谢天恩并报接任日期摺
5．雍正二年闰四月二十五日
巡台御史禅济布等奏贺大捷摺
6．雍正二年六月四日
巡台御史禅济布等奏报琉球番船飘泊入境摺
7．雍正二年六月十五日
巡台御史禅济布等奏报雨水田禾地方情形摺
8．雍正二年八月初四日
巡台御史禅济布奏报飓风情形摺
9．雍正二年八月二十四日
巡台御史禅济布等奏陈台湾营伍管见摺
10．雍正二年八月二十四日
巡台御史禅济布等奏报生番接踵归化摺
11．雍正二年十一月初八日
巡台御史禅济布等奏报收成粮价摺
12．雍正二年十二月初一日
巡台御史禅济布等奏报生番归化日众摺
13．雍正三年二月二十日
巡台御史禅济布奏报御史丁士一卸任日期摺
14．雍正三年三月十六日
巡台御史禅济布奏报得雨日期摺
15．雍正三年三月十六日
巡台御史禅济布奏报圣德广布生番归化日众摺
16．雍正三年三月十六日
巡台御史禅济布奏陈建筑木栅情由摺
17．雍正三年五月初四日
巡台御史景考祥奏报到任日期摺
18．雍正三年五月初四日
巡台御史景考祥奏为敬宣敕旨据实回奏摺
19．雍正三年五月初四日
巡台御史禅济布奏谢天恩摺
20．雍正三年五月二十五日(推测)
巡台御史景考祥奏陈闽省盐政之弊摺
21．雍正三年五月二十五日
巡台御史景考祥奏陈海疆情形摺
22．雍正三年五月二十五日
巡台御史景考祥奏陈闻见实据仰邀天鉴摺
23．雍正三年五月二十五日
巡台御史景考祥奏请圣安摺
24．雍正三年九月初九日
巡台御史景考祥奏谢授吏科给事中摺
25．雍正三年九月初九日
巡台御史禅济布等奏请圣安摺
……
乾隆
附录一
附录二