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书名 生物大分子的数学描述及其应用
分类 科学技术-自然科学-生物科学
作者 李春//钱伟懿
出版社 大连理工大学出版社
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简介
编辑推荐

建立生物学数据以及各种数据间复杂关系的数学模型,然后在此基础上分析和解释相应生物学意义,进而探索其固有的生物学规律并研究相关生物信息学问题,这是本书的特色之处。

本书是在编者实际从事的课题基础上形成的,从这个意义上讲,本书可以说是一份工作汇报。本书主要内容包括:生物大分子的图形表示;生物序列的数值刻画;序列与结构的粗粒化描述;蛋白质编码基因识别等。

目录

第0章 绪论/1

 0.1 生物信息学产生的背景/1

 0.2 生物信息学的研究对象/4

0.2.1 核酸/5

0.2.2 蛋白质/7

0.2.3 中心法则和遗传密码/8

 0.3 生物信息学的主要研究内容/11

0.3.1 序列比较/11

0.3.2 计算机辅助基因识别/14

0.3.3 系统发育分析/17

0.3.4 RNA和蛋白质的结构研究/18

 0.4 本书的主要内容/19

 参考文献/21

第1章 生物大分子的图形表示/33  

 1.1 引言/33

1.1.1 DNA序列的图形表示/34

1.1.2 RNA二级结构的图形表示/40

1.1.3 蛋白质序列的图形表示/42

 1.2 DNA序列的3-D图形表示/45

 1.3 DNA序列的2-D图形表 /49

1.3.1 特征序列/49

1.3.2 基于特征序列的“双水平线”图/51

1.3.3 基于特征序列的“梯状”图/53

 1.4 有向图表示/57

 参考文献/58

第2章 生物序列的数值刻画/65

 2.1 引言/65

 2.2 伪迹/68

 2.3 ALE-指标/75

2.3.1 ALE-指标/75

2.3.2 性质/77

2.3.3 应用/81

 2.4 上三角矩阵表示/87

2.4.1 序列不变量的相容性/87

2.4.2 有向图及上三角矩阵的应用/89

 2.5 正规化相对熵/93

2.5.1 定义/94

2.5.2 应用/96

 参考文献/100

第3章 序列与结构的粗粒化描述/105

 3.1 DNA序列的逻辑表示/106

3.1.1 逻辑表示同其他表示的比较/108

3.1.2 逻辑序列的S/S矩阵及其压缩矩阵/111

 3.2 蛋白质序列的逻辑表示/115

3.2.1 蛋白质序列的逻辑表 /116

3.2.2 应用/119

 3.3 基于5字母模型的蛋白质序列的图形表示及应用/122

3.3.1 氨基酸的5-字母模型/123

3.3.2 蛋白质序列的2-D图形表 /124

3.3.3 蛋白质序列的数值刻画/125

3.3.4 冠状病毒的系统发育分析/128

 3.4 LZ复杂度及应用/131

3.4.1 有限序列的LZ复杂度/131

3.4.2 基于LZ复杂度的RNA二级结构相似性分析/134

3.4.3 广义LZ复杂度及应用/137

 参考文献/143

第4章 蛋白质编码基因识别/151

 4.1 引言/151

 4.2 DNA序列基于正规化相对熵的数值刻画/154

 4.3 Fisher线性判别法/155

 4.4 算法的评估/157

4.4.1 敏感度、特异性和准确度的定义/157

4.4.2 算法的评估/159

 4.5 识别酿酒酵母基因组2-6类中的基因/162

 参考文献/167

结语/172

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更新时间:2025/4/7 19:09:12