为评估国家重点生态功能区财政转移支付资金使用效果，环保部、财政部于2009年启动了国家重点生态功能区县域生态环境质量监测与评价工作，以生态环境质量监测、定量化评价作为衡量转移支付资金使用效果的依据，建立了国家重点生态功能区转移支付绩效评估技术方法体系和业务化体系。为全面贯彻党的十九大和十九届历次全会精神，深入贯彻习近平生态文明思想，落实《关于深入打好污染防治攻坚战的意见》等文件要求，以推动高质量发展为主题，以生态环境质量改善为核心，结合国家生态环境管理新需求，生态环境部与财政部于2022年联合制定并印发了《“十四五”国家重点生态功能区县域生态环境质量监测与评价指标体系及实施细则》（环办监测函[2022]30号），用于“十四五”期间的国家重点生态功能区县域生态环境质量监测与评价工作。
《国家重点生态功能区县域生态环境质量监测评价与考核工作手册（第三版）》是在2019年出版的《国家重点生态功能区县域生态环境质量监测评价与考核工作手册》（第二版）的基础上，编者整理了新的国家重点生态功能区县域生态环境质量监测与评价工作有关制度和技术方案，更新了重点生态功能区县域生态环境质量监测、评价与考核系统使用指南等，方便参与国家重点生态功能区县域生态环境质量考核工作的管理及技术人员使用。

上篇 有关制度和技术方案
第1章 关于印发《“十四五”国家重点生态功能区县域生态环境质量监测与评价指标体系及实施细则》的通知
第2章 关于印发《中央对地方重点生态功能区转移支付办法》的通知
第3章 关于印发《区域生态质量评价办法（试行）》的通知
第4章 关于印发《县域生态环境质量监测与评价点位（断面）管理办法》的通知
第5章 国家重点生态功能区县域生态环境无人机核查技术指南
第6章 国家重点生态功能区县域生态环境质量监测与评价现场抽查技术指南（试行）
第7章 国家重点生态功能区县域生态环境质量监测与评价县域名单

下篇 重点生态功能区县域生态环境质量监测与评价系统使用指南
第8章 数据填报与审核软件使用指南
1 引言
2 系统安装
3 监测数据上报主界面说明
4 监测数据上报操作说明
5 其他数据上报系统主界面说明
6 其他数据上报系统功能操作说明
第9章 数据审核系统用户使用手册
1 引言
2 系统运行环境
3 监测数据考核系统主界面说明
4 监测数据考核系统功能操作说明
5 其他数据审核系统主界面说明
6 其他数据审核系统功能操作说明