本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R语言是一种计算机程序设计语言，也是一个开放式的软件开发平台。R语言具有强大的数学统计分析和科学数据可视化功能，能提供各种数据处理、统计分析及图形显示工具。本书面向计算机应用人员，特别是针对从事数学统计分析和生物信息学研究及应用的有关人员，着重介绍R语言和Bioconductor的基本用法及技术，并提供许多精简的程序实例，为读者了解和熟练使用R语言和Bioconductor提供帮助。

本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R语言是一种计算机程序设计语言，也是一个开放式的软件开发平台。R语言具有强大的数学统计分析和科学数据可视化功能，能提供各种数据处理、统计分析及图形显示工具。软件研究人员可以在R语言这个开放平台上不断扩充其功能，开发出面向特定应用的软件。Bioconductor就是一个基于R语言的、面向基因组信息分析的应用软件集合。Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理、分析、注释及可视化的。同时，Bioconductor。还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。

本书面向计算机应用人员，可供从事数学统计分析和生物信息学研究及应用的有关人员参考。

前言

        上篇 R语言

第1章 R语言简介

 1.1平台

 1.2R语言的发展简史

 1.3R语言和统计学

 1.4运行R语言的环境及安装

 1.5交互式使用R语言

第2章 R语言的基本数据结构

 2.1向量的赋值

 2.2向量的基本运算

 2.3构造向量

 2.4逻辑向量

 2.5字符向量

 2.6复数向量

 2.7获取向量子集和修正向量子集

 2.8常量

第3章 R语言对象

 3.1对象的基本属性

 3.2改变对象的长度

 3.3获取对象的属性

 3.4获取对象类

第4章 分组因子

 4.1分组因子

 4.2聚集计算

 4.3排序

第5章 数组和矩阵

 5.1定义数组

 5.2数组子集操作

 5.3构造数组

 5.4数组计算

 5.5矩阵

 5.6数组矩阵合并

 5.7定义数组的操作

第6章 数据列表和数据单

 6.1数据列表

 6.2构造数据列表

 6.3数据列表操作

 6.4数据单

第7章 导入导出数据

 7.1高级函数

 7.2低级函数

 7.3命令台输入输出以及格式化

 7.4使用R语言内含的数据集

第8章 组合表达式和控制语句

 8.1组合表达式

 8.2控制语句

第9章 函数

 9.1排序的例子

 9.2定义新的操作符

 9.3参数名和参数缺省定义

 9.4形式的参数(虚参)

 9.5函数和变量的作用范围

 9.6类、通用函数和面向对象

 9.7调试

 9.8操作符号的优先级

第10章 包

 10.1标准包

 10.2扩展包和CRAN

 10.3包命名空间

 10.4R语言中常用的包

第11章 R语言中的统计

 11.1R语言中的概率分布

 11.2从离散数据集分析概率分布特性

 11.3回归分析

第12章 图形函数

 12.1高级图形命令

 12.2低级图形函数

 12.3与图形进行交互

 12.4利用图形参数

 12.5图形参数列表

 12.6设备驱动

 12.7动态图形

           下篇 Biocomluctor及其应用

第13章 Bioconductm与DNA微阵列数据处理

 13.1Bioconductor简介

 13.2DNA微阵列

 13.3微阵列数据处理与分析

 13.4Bioconductor开发背景

 13.5Bioconductor各种包的分类介绍

第14章 Bioconductm的使用

 14.1Bioconductor的获取和安装

 14.2Biocondtlctor一陕速入门

 14.3Bioconductor应用实例

第15章 数据库访问

 15.1Rdbi软件包

 15.2RdbiPgSQL软件包

 15.3SAGElyzer软件包

第16章 图形及用户接口

 16.1widget，Tools包

 16.2tkWidgets包

 16.3geneplotter包

 16.4hexbin包

 16.5limmaGUI包

 16.6affylmGUI包

 16.7webbioc包

第17章 图结构

 17.1graph包

 17.2RGBL包

 17.3Rgraphviz包

 17.4SNAData数据包

第18章 通用工具

 18.1reposTools包

 18.2Biobase包

 18.3Biostrings包

 18.4DynDoc包

 18.5Ruuid包 

 18.6ctc包

 18.7convert包

 18.8icens包

 18.9exprExternal和externalVector软件包

第19章 注释

 19.1annotate包

 19.2AnnBuilder包

 19.3Resourcer包

 19.4SNPtools包

 19.5Data packages包

第20章 基因本体学

 20.1goTools包

 20.2ontoTools包

 20.3Gostats包

第21章 微阵列数据预处理

 21.1affy包

 21.2affycomp包

 21.3affydata包

 21.4affypdnn包

 21.5affyPLM包

 21.6gcrma包

 21.7makecdfenv包

 21.8annaffy包

 21.9marray包

 21.10matchprobes包

 21.11vsn包

第22章 数据分析

 22.1daMA包

 22.2edd包

 22.3factDesign包

 22.4genefilter包

 22.5globaltest包

 22.6gpls包

 22.7multtest包

 22.8pamr包

 22.9MeasurementErfor.cor包

 22.10limma包

 22.11ROC包

 22.12siggenes包

 22.13splicegear包

 22.14RMAGEML包

第23章 微阵列比较基因组杂交

 23.1aCGH包

 23.2DNAcopy包

第24章 蛋白质组学

 24.1PROcess包

 24.2gpls包

 24.3apComplex包

主要参考文献

附录 R语言常用功能一览表