漫长的暑假，哈利波特被困在女贞路4号，意外地遭到摄魂怪的袭击逃过一劫的哈利被护送到伦敦一个秘密的地方，在那里他见到了自己的教父小天狼星布莱克、前任黑魔法防御术课教师卢平、疯眼汉穆迪以及他的朋友赫敏和罗恩。他只是知道邓布利多与凤凰社成员正在加紧秘密活动，以对抗日益强大的伏地魔。但是，所有的人都不愿向他透露更多的情况。
哈利在茫然与愤怒中来到霍格沃茨，然而令他不解的是，邓布利多不愿见他，海格不知去向。更糟糕的是，哈利越来越频繁地在梦中看见一道长长的走廊，每当他快要走进长廊尽头的一扇门时，他都会头痛欲裂地从梦中惊醒，觉得自己身体里蠕动着一条大蛇。
魔法部派来了一位专横跋扈的高级调查官，对学校各项事务横加干涉，并最终赶走了邓布利多校长，打伤了麦格教授，整个学校笼罩在一片混乱和压抑之中。
大蛇的影子在哈利的脑海里越来越清晰，伏地魔走近了哈利……这时，邓布利多告诉他一个天大的秘密。