全书分为“迎着南海的风启航”“科研者+创业者”“聚焦国际化”“清深”情深四大篇章，每个篇章选取了从深圳研究生院到深圳国际研究生院办学20年间具有代表意义的历史事件回顾和人物专访、人物故事，力求能够较为全面而生动地展示清华在深圳的办学轨迹和师生的所思所想。面向的读者对象是广泛的社会大众，使得大众能够更加了解清华在深圳的办学情况和成绩。

第一篇 迎着南海的风启航
大学使命与教师责任
从策划到成立——深圳研究生院创建亲历记
林功实为校在深二十五年
访杨瑞东：从“零”起步甘为“拓荒牛”
创业中“第一”的艰辛与欢乐
五年风雨春华秋实
保持品牌增添特色——异地办学中培养工作的再思考
研究生导师指导机制的创新
异地办学的英语教学探讨
创新创业筚路蓝缕水木清华南国芳香——清华大学深圳研究生院改革创新纪实
整合科研资源实施大科研战略
深圳大学城清华大学园区建筑设计
校园二次规划纪实
建设创新型、国际化的校园
第二篇 科研者+创业者
访黄来强：兰开清芬香自然
访张锡辉：低碳社会校园先行
访李勃：科研经济零距离鹏城试水产学研
访顾立基：深圳建设中的清华动作
访康飞宇：让世界倾听中国的低碳声音
访陈道毅：为深圳海洋经济筑人才摇篮
访朱锐：为国家和社会造福
访刘文煌：半百清华情 续至南紫荆
访缪立新：物流与交通学部的“教学思辨”
访王晓浩：先进制造瞄准创造“全过程”培养创新人才
访林功实、顾立基：校企合作创业课创业精神育创业
访曾国屏：文科在深圳的拓展创新
访廖庆敏：发展以“人”为核心的信息科学
访王黎明：能量凝聚源自实力
访马辉：基础研究和产业之间的创新桥梁
访林功实：以创新驱动创业用实践造就梦想
访刘庭芳：我们需要专业医管人才
访徐政：光伏扬水系统与绿色校园
访周伟浩：“行云”的故事——记我院“MM之星”团队获奖历程
访蔡亮团队：脚踏实地做科研——智慧城市大赛一等奖获得者
访王东风：创新报国实业报国——2015创新南山“创业之星”大赛冠军
访伺永红：努力打通“科研”与“创业”任督二脉
访李宝华：让科技投入的效能发挥到最大化
访肖卫波：扎根基层心怀家国
访万树伟：勤学勤练创新创效
第三篇 聚焦国际化
访英国六校
一次有意义的美国高校之旅
环境学科师生赴日本京都大学研修记
访南安普敦大学校长Don Nutbeam：友谊、成就与展望
访邢新会：“健康中国”新机遇开放合作迎挑战
研究港澳问题惠及粤港澳
记信息学部师生赴英交流
美国东北五校学生事务考察报告
访2010年诺贝尔物理学奖得主Andre Geim教授
记澳大利亚数据科学深度之旅
联合国可持续发展项目助力深圳创新发展
访世界低碳城市联盟主席孔英教授
“一带一路”上的留学生故事：意大利小镇青年的深圳梦
合作开拓共进其赢就清华——清华一伯克利深圳学院合作办学答记者问
优先布局一流工科学科培养产业需要的高层次复合式专业人才
新时代、新阶段的市校全面战略合作
深圳国际研究生院的办学思路和模式创新
清华-伯克利深圳学院的办学实践、特色与启示
这是一次重新思考我们“怎样教、能怎样教”的机会
在加州伯克利的学习与生活（两则）
田中宏明教授谈清华-京都大学合作与对中日环境问题的思考
智能制造结合中德双学位项目的国际化研究生培养模式
德国亚琛工业大学科研之旅
中法合作新篇章：Open FIESTA
pen FIESTA：法式浪漫下的交叉学科学习
第四篇 “清深”情深
初到鹏城
餐厅里的“选修课”
紫荆：“异地移栽”的话题
感触深圳
记南国清华金融硕士求学之旅
大沙河里赛龙舟
西丽湖畔的高尔夫球课
春风化雨乐未央——忆南国清华园
清深处，情深深
我站在桥上畅想风景
南海科考日志（节选）