全集收录吕思勉著作54种，其中史学著作32种，教科书7种，学术札记2种，文字学4种，文学类5种，史地读物5种。另外以张耕华编纂《吕思勉年谱简编》作为附录。

册：白话本国史
第二册：吕着中国通史
中国通史提纲五种
第三册：先秦史
先秦学术概论
第四册：秦汉史
第五册：两晋南北朝史上
第六册：两晋南北朝史下
第七册：隋唐五代史上
第八册：隋唐五代史下
第九册：读史札记上
第十册：读史札记下
第十一册：论学丛稿上
第十二册：论学丛稿下
第十三册：中国近代史讲义
中国近世史前编
中国近百年史概论
日俄战争
中国近世文化史补编
近代史表解
大同释义
中国社会变迁史
第十四册：中国社会史
第十五册：中国民族史
中国民族演进史
中国文化史六讲
中国文化史
第十六册：医籍知津
群经概要
经子解题
国学概论
理学纲要
中国政治思想史十讲
第十七册：章句论
中国文字变迁考
字例略说
说文解字文考
史通评
文史通义评
第十八册：史籍与史学
历史研究法
新唐书选注
史籍选文评述
古史家传记文选
中国史籍读法
第十九册：论诗
宋代文学
中国文学史选文
国文选文
《古文观止》评讲录
第二十册：新学制不错中学教科书 本国史
复兴不错中学教科书 本国史
本国史（元至民国）
本国史复习大略
第二十一册：高中复习丛书 本国史
初中标准教本 本国史
初级中学适用 本国史补充读本
更新初级中学教科书 本国史
第二十二册：高等小学 新修身教授书
高等小学校用 新式历史教授书
第二十三册：高等小学校用 新式国文教科书
高等小学校用 新法历史参考书
第二十四册：高等小学校用 新式地理教科书
高等小学校用 新式地理教授书
第二十五册：未来教育史
中国女侦探
苏秦张仪
关岳合传
国耻小史
中国地理大势
三国史话
第二十六册：蒿庐诗词、联语
蒿庐文稿、笔记
吕思勉先生编年事辑