内编
《杂阿含经》刊定记
一、刊定经名
二、刊定品目
三、刊定文段次第
四、附论杂阿含经本母
《楞伽·如来藏章》讲义
《辩中边论》要义
《显扬圣教论》大意
论《庄严经论》与唯识古学
一、《庄严经论》之作者
二、瑜伽与唯识
三、唯识古学与今学
四、三性
五、心真如（法性心）
六、二分
七、余论
《二十唯识》白话译本
安慧《三十唯识释》略抄
引言
略抄
《瑜伽菩萨戒本羯磨》讲要
《六门教授习定论》
一、解题
二、释义
外编
谈真如
法界释义
佛性义
种姓义
正觉与出离
缘起与实相
一
二
三
观行与转依
试论中国佛学有关心性的基本思想
内学院研究工作的总结和计划
一
二
三
四
佛学研究和支那内学院

《吕澂唯识论著集(精)》分两编：
（一）内编：直接讨论唯识学的相关经论，共9篇文章。第1篇，刊定《瑜伽师地论》文引《杂阿含经本母》，阐明了大乘瑜伽学与小乘佛学之间的渊源；第2篇，理清唯识学所依经《楞伽经》中的“如来藏”义；第3—7篇，分别解读唯识学根本论典《辩中边论》《显扬圣教论》《庄严经论》《二十唯识论》《三十唯识论》；第8、9两篇，分别讲解大乘瑜伽行派的戒律学和定学。
（二）外编：主要从唯识学的视角来研究整体佛学问题，共10篇文章。第1—8篇，讨论的都是佛学中极根本性的问题；最后两篇，乃对“内那内学院”及其本人佛学研究的总结，极具史料价值。