陈云林编著的《明清宫藏台湾档案汇编》系臺灣文獻史料出版工程主體專案之一，由海峽兩岸出版交流中心與中國第一歷史檔案館與共同編纂。該書全面整理了中國第一歷史檔案館所藏明清時期有關臺灣問題檔案，系統反映了臺灣地方與明清兩朝中央政府的關係，如實追記了明清政府對臺灣的有效管理。

本書所輯明清宮藏臺灣檔案系屬首次系統整理解密付梓，具有極其重要的研究價值。中國第一歷史檔案館是明清兩朝中央政府以及皇家生活有關檔案的保管基地，書中所輯均為該館所藏不同時期、不同文種的各類原始密檔。本書所輯明清宮藏臺灣檔案自明朝天啟年間至晚清光緒時期，其內容豐富翔實。舉凡鄭氏收復、康熙統一、乾隆平定、光緒設省等重大事件及官員任免、移民開發、海疆防務、甲午割讓等諸多臺地大小政事均有記載。有許多檔案是在這次編纂過程中第一次發現，直接生動地反映了明清兩朝寶島臺灣的滄桑歷史。