本书从实际使用的具体分析工具入手，对信息分析的几个主要方面进行了最为细致的讲解，包括软件的安装、输入输出数据的格式说明、常用参数的选取等，并配以实例数据方便大家熟悉及使用。本书还附赠光盘，其中的每个软件都对应于相应的目录。该书可供各大专院校作为教材使用，也可供从事相关工作的人员作为参考用书使用。

本书较为系统全面地介绍了生物信息学分析各个方面的软件用法，结合光盘具体实例，方便使用。全书共分8章，内容包括：Unix/Linux操作系统介绍，介绍了基本的Unix/Linux操作命令；数据的基本处理，介绍了如何处理常用的生物信息学数据；序列的比对，介绍了常用比对软件的用法及其在应用过程中要注意的问题；基因组/基因的注释，介绍了Coding和Non-Codoing基因的预测方法；SNP分析，介绍了常用的从生物学数据中寻找SNP的软件；进化分析专题，介绍了几种分子进化分析软件，内容涉及进化树的构建、Ka/Ks的计算等；基因表达分析专题，介绍了EST及生物芯片分析的流程和方法；蛋白质结构预测，介绍了蛋白质三维结构预测的流程及方法。

本书适合于生物信息学专业本科生及研究生使用。

序

前言

第1章 Unix/Linux操作系统介绍

 1.1 远程登录

 1.2 文件的复制、删除和移动命令

 1.3 目录的创建、删除及更改目录命令

 1.4 文本查看命令

 1.5 文本处理命令

 1.6 改变文件或目录的权限命令

 1.7 备份与压缩命令

 1.8 磁盘及系统管理

 1.9 软件安装简介

 1.10 其他

第2章 数据的基本处理

 2.1 数据常用格式介绍

 2.2 测序原理介绍

 2.3 華图转化(Phred)

 2.4 文件转换(phd2fasta)

 2.5 载体屏蔽(cross_match)

 2.6 序列聚类拼接

 2.7 Consed

 2.8 引物设计(Primer3)

 主要参考文献

第3章 序列的比对

 3.1 全局比对

 3.2 局部比对

 主要参考文献

第4章 基因组/基因的注释

 4.1 重复序列分析

 4.2 RNA分析

 4.3 基因预测

 4.4 基因功能注释

 主要参考文献

第5章 SNP分析

 5.1 Polyphred

 5.2 SNPdetector

 5.3 cross_match

 主要参考文献

第6章 进化分析专题

 6.1 Phylip

 6.2 Paml

 6.3 KaKs_Calculator

 6.4 FGF

 6.5 MEGA

 主要参考文献

第7章 基因表达分析专题

 7.1 EST表达序列标签分析

 7.2 生物芯片分析

 7.3 Motif预测

 主要参考文献

第8章 蛋白质结构预测

 8.1 蛋白质结构知识介绍

 8.2 蛋白质结构预测方法

 8.3 蛋白质结构预测的Threading方法

 8.4 蛋白质三维结构预测流程介绍

 主要参考文献