本教材内容遵循中国中医科学院研究生教材编写的指导思想，以生命科学的视角，探索中药材的生长发育，追踪中药材活性成分、中药材道地性的形成，建立相应的分子生药学技术，纵贯中药资源、中药鉴定和中药质量评价。
本教材突出强调了系统性、实用性分子生药学是一门交叉学科，且不断融合其他相关学科最新研究成果，拓展其内涵与外延。本教材除包含分子生药学主要内容外，还涉及相关领域的关联知识，使研究生易于学习和理解，
本教材突出强调了科学性、先进性新理论、新技术、新方法的应用，是分子生药学持续发展的动力源泉。本教材注意融入生命科学研究领域的最新进展，并对其在药学中的应用进行展望，使研究生强化创新研究的意识。

第一章 概述
一、分子生药学的产生与发展
二、分子生药学的主要内容
三、分子生药学的内涵与外延
第二章 基因与基因组
第一节 基因
一、基因的结构
二、基因的种类
三、基因表达和遗传信息的传递
第二节 基因组
一、真核生物基因组的分类
二、基因组的结构组成
三、基因家族
第三节 数量遗传学
一、数量遗传学研究方法
二、全基因组关联分析
第三章 主要通用技术与生物信息学
第一节 DNA分子标记技术
一、DNA分子标记概述
二、DNA分子标记的类型和特点
第二节 生物信息学技术
一、生物信息学概述
二、生物信息学在分子生药学中的应用
第三节 碱基测序技术
一、碱基测序技术的发展历程
二、高通量测序技术的应用
第四节 蛋白质组学技术
第五节 中药资源研究中的大数据平台
第四章 中药资源与分子系统学
第一节 植物分子系统学的概念与发展
一、植物分子系统学的概念和特点
二、植物分子系统学的发展与展望
三、植物分类系统简介
第二节 植物分子系统学的基础理论
一、植物分子系统学研究的相关概念
二、分子性状及其分析
三、系统进化树的重建
四、物种形成及其判别标准
第三节 中药资源分子系统研究概况
一、药用植物分子系统研究
二、药用动物的分子系统研究
第五章 中药分子鉴定
第一节 中药分子鉴定概述
一、中药分子鉴定概况
二、分子鉴定方法建立前应做的准备
三、采样原则
四、方法学考察
五、应用示例——金银花配方颗粒的位点特异性PCR鉴别研究
六、技术创新
第二节 中药分子鉴定在中药质量控制标准中的应用
一、中药分子鉴定法在中药质量控制标准中的应用现状
二、中药分子鉴定法标准研究技术策略
第三节 中药分子鉴定发展的挑战与前景
一、中药系统鉴定
二、中药双分子标记鉴定法
三、药材生长年限的鉴定
四、野生与家种（养）药材的鉴定
五、中药快速分子鉴定
六、中成药的鉴定
第六章 中药资源功能基因组研究
第一节 中药资源功能基因组概述
一、功能基因组定义
二、中药资源功能基因组的主要研究内容
第二节 中药资源功能基因组研究
一、中药资源基因组研究
二、中药资源转录组研究
三、中药资源代谢组研究
四、中药资源表型组研究
第三节 中药材分子标记辅助育种
一、中药材分子标记辅助育种的研究现状
二、中药材分子标记辅助育种的发展趋势
三、用于加快中药材品种选育的研究策略
第七章 中药活性成分的生物合成
第一节 中药活性成分合成途径的代谢类型
一、初生代谢
二、次生代谢
第二节 中药活性成分的类型
一、糖类
二、苷类
三、醌类
四、苯丙素类
五、萜类
六、甾体
七、生物碱
八、鞣质
第三节 中药活性成分的主要生物合成途径
一、莽草酸途径
二、甲羟戊酸途径和脱氧木酮糖磷酸酯途径
三、氨基酸途径
四、其他途径
第四节 中药活性成分的生物合成研究展望
一、生物合成相关酶的研究
二、生物转化与组合生物转化
三、代谢工程
四、合成生物学
第八章 药用植物次生代谢与调控
第一节 药用植物次生代谢调控策略
一、药用植物次生代谢调控特点
二、个体水平的调控及应用
三、细胞水平的调控及应用
四、分子水平的调控及应用
第二节 药用植物次生代谢调控研究实例
一、紫杉醇生物合成调控
二、长春碱生物合成调控
三、人参皂苷生物合成调控
四、丹参酮及丹酚酸生物合成调控
第九章 中药材生产过程中的生物学原理
第一节 中药材生产过程概述
第二节 药用植物生长发育的分子调控机制
一、药用植物的生长发育
二、环境因素的影响
三、中药材的采收期
第三节 中药材品质的形成及调控技术
一、遗传因素的影响
二、环境因素的影响
三、种植及采收加工技术的影响
四、提高中药材品质的途径
第四节 中药材产量的形成及调控
一、中药材产量的形成
二、中药材产量形成的影响因素
三、提高中药材产量的途径
第十章 药用植物与微生物的互作关系
第一节 药用植物与微生物互作关系概述
一、共生关系
二、互生关系
三、寄生关系
第二节 有益微生物对药用植物的影响
一、提高栽培药用植物的产量
二、对药用植物活性成分的影响
三、促进种子萌发
四、抗栽培药用植物的病害
五、增强栽培药用植物的抗非生物胁迫能力
第三节 影响药用植物与微生物互作关系的因素
一、根际分泌物的影响
二、植物种类的影响
三、微生物种类的影响
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