《国家安全机关行政执法程序规定》共7章140条，包括总则、防范指导、调查取证、征用补偿、行政处罚、期间与送达、附则。
《国家安全机关办理刑事案件程序规定》共11章360条，包括总则，管辖，回避，律师参与刑事诉讼，证据，强制措施，立案、撤案，侦查，执行刑罚，特别程序，附则。上述两个规章文件是规范国家安全机关执法司法活动的重要依据，对依法打击危害国家安全违法犯罪活动、保障个人和组织合法权益、提升国家安全工作法治化水平，具有重要意义。

国家安全机关行政执法程序规定
第一章 总则
第二章 防范指导
第三章 调查取证
第一节 一般规定
第二节 询问违法嫌疑人
第三节 问询情况
第四节 查验
第五节 查阅、调取
第六节 检查
第七节 查封、扣押、冻结、先行登记保存
第八节 辨认
第九节 鉴定
第四章 征用补偿
第五章 行政处罚
第一节 一般规定
第二节 简易程序
第三节 普通程序
第四节 听证程序
第五节 执行程序
第六章 期间与送达
第七章 附则
国家安全机关办理刑事案件程序规定
第一章 总则
第二章 管辖
第三章 回避
第四章 律师参与刑事诉讼
第五章 证据
第六章 强制措施
第一节 拘传
第二节 取保候审
第三节 监视居住
第四节 拘留
第五节 逮捕
第六节 羁押
第七节 其他规定
第七章 立案、撤案
第一节 受案
第二节 立案
第三节 撤案
第八章 侦查
第一节 一般规定
第二节 讯问犯罪嫌疑人
第三节 询问证人、被害人
第四节 勘验、检查
第五节 搜查
第六节 查封、扣押
第七节 查询、冻结
第八节 鉴定
第九节 辨认
第十节 技术侦查
第十一节 通缉
第十二节 侦查终结
第十三节 补充侦查
第九章 执行刑罚
第十章 特别程序
第一节 未成年人刑事案件诉讼程序
第二节 犯罪嫌疑人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序
第十一章 附则