明日香驾驶的二号机和真嗣驾驶的初号机拼死对抗Seele和EVA系列。就在这时，此前飞出外太空的“朗基努斯之枪”正从月球高速返回地球，并停在了真嗣的初号机胸前，形成了伟大的“生命之树”形态。另一方面，碇源堂因为体内的“亚当”苏醒，一心想与拥有“莉莉丝”意识的零融合，完成自己成为“神”的夙愿，但却遭到零的拒绝。最终，零走向“莉莉丝”的躯体，并完成融合，使完全形态的“莉莉丝”最终苏醒。“莉莉丝”与“生命之树”相互吸引，人类即将迎来第三次冲击。

贞本义行，1962年1月29日出
身于山口县德山市，血型A型。
是位相当活跃的人物设定师及作
画监督。代表作有《王立宇宙军
欧尼亚米斯之翼》《海底二万
里》《新世纪福音战士》《思春
期》《勇往直前2！》《穿越时
空的少女》《福音战士新剧场
版》《夏日大作战》等。现于
《YOUNG ACE》上进行《新世纪
福音战士》的连载。

Stage.84 Calling
Stage.85 背叛
Stage.86 仪式开始
Stage.87 拒绝
Stage.88 黑之月
Stage.89 face to face
Stage.90 夏日的追忆