自序
第一章 理论发微
论天人合一
略论太极八卦
论阴阳五行
论五运六气
略论祖国医学的升降学说
论亢害承制乃体内大药
略论通平学说
略论五脏相关
略论五脏调节学说
中西医结合神经内分泌免疫网络研究的思考
论辨证纲要
略论《黄帝内经》治则学说的三大基点(提纲)
略论《内经》审因立则学说及其影响
病情万变，务求其是——略论《内经》的察情立则说
善治者因其势而利导之——略论《内经》因势立则说
治痿独取阳明的体会和印证
《素问·标本病传论》阐析
《素问·藏气法时论》阐析
《素问·热论》阐析
试析《素问·腹中论》阐析
《黄帝内经》养生方法的整体观探析
关于《伤寒论》性质的管见
略谈《伤寒论》中的小便
论温病学的四次突变
略论晋唐时期的温病学
卫气营血证候实质的研究概况
温疫病学的学术体系探讨
温疫学派研究
要重视瘟疫学说的学习与研究
需要建立温疫学
柯韵伯学术思想探讨
徐灵台《医学源流论》阐微
高士宗《医学真传》探要
魏玉璜学术思想探要
吴鞠通救治温病神昏的学术经验探要
张凤逵与《伤暑全书》
《医林改错》功过论
其入愈深，其见愈奇——读吴越人《续广笔记》有感
恽铁樵研究
陆渊雷研究
姜春华研究
第二章 前沿综述
第三章 临床心语
第四章 病毒性发热研究
第五章 肾本质研究
第六章 帕金森病研究
第七章 急性缺血性卒中研究
第八章 急性出血性卒中研究
第九章 肿瘤及运动神经元病研究
第十章 国际交流

《南山书屋文集》是蔡定芳教授论文集。蔡定芳教授祖籍浙江温州瑞安南山，故名《南山书屋文集》。《南山书屋文集》以蔡定芳教授学术贡献为纲，以学术论文为目，编辑论文308篇，共十章，约200万字。第一章理论发微，编辑论文48篇，是作者研究《黄帝内经》《伤寒杂病论》《神农本草经》三大经典著作的心得；第二章前沿综述，编辑论文44篇，是作者指导研究生工作的一个缩影。第三章临床心语，编辑论文66篇，是作者从医至今45年的临床实践记录；第四章病毒性发热研究，编辑论文7篇，是作者攻读博士学位研究课题的论文；第五章肾本质研究，编辑论文26篇，是作者博士研究生毕业后追随沈自尹老师从事中医肾本质研究的写照，其间两渡日本，负籍日本德岛大学与日本富山医科药科大学学习神经解剖与神经药理；第六章帕金森病研究，编辑论文9篇，是作者步入神经病学殿堂的收获；第七章缺血性卒中研究，编辑论文34篇，是作者应用祛风通络治疗急性缺血性卒中临床与实验研究成果；第八章出血性卒中研究，编辑论文8篇，是作者聚焦生地大黄汤治疗急性出血性卒中的尝试；第九章肿瘤及运动神经元病研究，编辑论文12篇，是作者带领复旦大学附属中山医院中医中西医结合科主任、上海中医药大学附属曙光医院神经内科主任两个团队开展病证相结合临床科研工作的探索；第十章国际交流，编辑外文论文摘要54篇，折射作者学术生涯国际交流侧影。