《侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆故事》组织专人（朱成山）编辑了诸如拉贝、马吉、东史郎、李秀英等100多个历史人物故事，南京大轰炸、南京保卫战、南京安全区等100多个历史事件故事，贯穿到整个展线之中，使得展览内容通俗、厚实、耐看、可读，让观众在观展的同时感悟到历史的沧桑感、厚重感、真实感，给人以教育性、知识性、趣味性。

第一部分 历史证人评析

奶奶。我记住了你的眼泪

母亲的最后一口奶

幸存者的控诉

家破孟家场

南京的那个冬天

记忆12岁那年

我要作证

历史星空下共同的身影

江南大地之钢盔

灵魂之忏

一代儒将，陨落雨花

恐怖地狱中爱的花园

大爱无疆

上帝将一份福音布施到南京——厄内斯特·赫尔曼·福

斯特在南京的救援经历

程瑞芳——“华小姐”的得力助手

辛德贝格玫瑰

金陵大学难民收容所的守护者——齐兆昌

不朽的生命——抗日英雄易安华

梅汝争论座次的背后

第二部分 历史事件解读

光华门保卫战

紫金花。二月兰

阴霾下的一抹阳光

《南京难民合唱曲》——来自地狱的生命之歌

雨天才是好天气

红枫树下——一邪一年，于栖霞寺由……

正义的审判

锈蚀的铁桶作证

那年，那月。那些瞬间

一本日记，一段记忆

一本尘封多年的日记

屠城血证——16张南京大屠杀照片背后的故事

背水一战

第三部分 历史载体建设

忠诚是一种坚守

无声的哭泣

“哭墙”不哭

凝固的历史无言的控诉

石头会说话，石头亦有情

让“和平之舟”持续远航

不可磨灭的印记

“苍天有眼”

用建筑见证历史

0和1的故事——扫描本馆“数字档案室”建设过程

几张照片——说出纪念馆的成长史

用数字看纪念馆的发展

用学术去关怀历史——评说《南京大屠杀史研究》

让心灵震撼的一幅油画

国际志愿者李惠智传递和平声音

传承历史之重——记纪念馆第一位国际

志愿者黑田薰

一个人的教科书——记日本女教师松冈环

陨落的美丽。无尽的责任——张纯如与她的《南京

大屠杀——被遗忘的二战浩劫》