全书按药物自然属性和生态条件分类，共52卷，分为十六纲，六十类，约200万言，其中吸收大量民间药、外来药，以药为主，计1882种（其中新增药物374种）。计附方剂11000多首，是中古时代最完备、最先进的分类方法。《本草纲目》集我国16世纪以前药学成就之大成，为中国和世界人民的医疗和保健事业作出了巨大的贡献，享誉国内外。
本书由两部分组成：一为《本草纲目》原文；一为白话全译。为便于读者对照阅读，原文与译文分卷交替相连编排，即各卷先列原文后列译文，总共五十二卷，首尾相贯，浑然一体，并采用横排形式。