在改变海床的过程中，丰富的动植物群聚也都消失了。弗雷德·贝内特提到了另一个缅因湾中受人喜爱的渔场，渔民们称其为“大贻贝渔场”(Big Mussels)。这个区域的面积超过50平方公里，海底由连绵起伏的丘陵组成，上方有丰富的贻贝、螃蟹、海葵、管虫，及壮观的无脊椎动物。1990年代中期，拖网渔船开始锁定这个区域。等到拖网渔船离开，贝内特回来后发现：贻贝床消失了，山丘就像是被用推土机推过似的，变得一片平滑。缅因大学科学家莱斯·沃特林(Les Watling)回忆起另一处遭到拖网破坏的地方。在1980年代末期的一次调查研究航行中，他在缅因湾靠近杰弗里浅滩(Jeffrey’s Bank)附近发现了一个地方。那里有着巨石散落的粗糙海床，当时那里还没有拖网渔船抵达过，是一个名副其实的海绵和其他无脊椎动物的伊甸园。这也是他从事研究20多年来所见过最富饶的地方，他希望能够更好地了解这里的生物群聚，于是就在1993年回到这里，用潜水器来进行探险。然而，可悲的是，拖网渔船和渔民们新的滚轮渔具已经早先一步抵达这里。在令人沮丧的两个小时中，沃特林在这处曾经是海绵林的地方，只找到有着裸露岩石、砂石和泥巴的荒地。曾经的那个海绵花园，早已不知去向。
移除掉缅因湾中贪婪又影响广泛的掠食者（例如鳕鱼），对海岸生态系统和离岸生态系统有着极大的影响。新英格兰地区的大多数海岸，尤其是在北方，有着令人印象深刻的岩石平台和崎岖的峭壁。对于勇往直前的拖网渔船船长来说，这些延伸到水下的平台还是太粗糙了。当成群密集的鳕鱼在这些海底峡谷和海沟中徘徊时，这里的无脊椎动物，像龙虾、海胆、螃蟹和软体动物，就会生活在不间断的死亡恐惧中。鳕鱼的存在使得无脊椎动物的数量一直都很少，深具警觉性的无脊椎动物，白天多半都是躲在岩石缝隙中，晚上才敢出来觅食。所以海藻被啃食的压力很低，巨藻和其他海藻于是就像是一层厚厚的地毯般披在岩石上，形成了一座摇曳的水中花园。随着鳕鱼消失，无脊椎动物数量暴增。到了1980年代，海胆聚集在整个新英格兰海岸的几乎每一块岩石上。这些数量庞大的草食动物，不仅清除了巨藻森林，还把原本覆盖在岩石上的植被啃得一干二净。
大约也是在这个时候，贸易日益全球化，渔民不再受限于只能捕捞当地鱼市上所能卖出的渔获。新英格兰人很快就看到了这里潜藏的机会，开始将海胆贩卖到亚洲，在那里，海胆的生殖腺被视为一种美味佳肴。在近岸浅水水域中很容易采集到海胆，潜水员能在水中挖出数量庞大的海胆。由于没有管控，渔民总是竭尽所能地进行采捕，再加上海胆的掠食者，像龙虾，也从被鳕鱼捕食的压力中解脱，数量因而增加，结果也就无可避免地，很快就发生了海胆族群数量崩溃。由于海胆消失了，海藻受啃食的压力因此得以缓解，让海藻有了恢复的机会。然而，恢复中的海藻族群并非原生的墨角藻和巨藻等海藻，而是入侵缅因湾的外来物种，它们就像野草般迅速蔓延开来。2001年，当我在新罕布夏州的浅滩群岛浮潜时，就看到了这样的变化。在我的下方，舞动着的是宛如光滑手指般的暗绿色刺松藻，它们是一种绿藻，像地毯般覆盖着岩石；在绿色的海藻树冠中，只有零星丛生的当地原生褐藻——棘漆草藻（刺酸藻）；在柔软地毯下方的某些部分，我看到下方的岩石上结着灰色、黄色和橙色的补丁区块，那是入侵种海鞘。
许多物种来到缅因州湾其实已经有一段时间了，但当海床上的主要物种以本地物种为主的时候，它们很少能够扩散开来。松藻属的藻类自从1950年代以来就已经出现在那里了，可能是从它的原生地日本搭便船来到这里的，或者是从它们已经入侵的欧洲过来的，新英格兰人戏称它们为“牡蛎贼”(oyster thief)，意思是它们能够像地毯般生长，然后闷死像牡蛎这种生长在硬质海床上的物种。
尽管缅因湾正在遭遇难以解决的问题，但在加拿大宣布其200海里专属经济海域之后，鳕鱼渔业也曾短暂地繁荣过一阵子：1970年代后期和1980年代初，尚未成熟的鳕鱼的生存条件很好。但甚至是在那时就已播下了灾难的种子。加拿大政府部门的渔业科学家，基于过去超过高达10倍的渔捞资料，对鳕鱼的鱼源作出了过于乐观的预测。1985年，他们设定了35万吨的渔获量。尽管加拿大人对渔业充满了精力和热情，但他们却并未能捕捉到加拿大政府所允许的渔获量。鳕鱼似乎不见了。
政府部门根据自己调查的渔业单位渔获努力来估算鳕鱼种群的大小，这样的研究始于1978年。这种做法存在严重缺陷，因为随着时代进步，渔民已经开始使用新的电子设备、更大的渔网和有着更强动力的渔船，从而大大提升了渔捞能力。这些改变使得单位渔获量变成一个很不适当的鱼源指标。会形成紧密鱼群的鱼种，像鳕鱼这种在产卵时会聚集在一起的鱼类，即使其数量骤减，只要渔船能够找到这些鱼群，还是可以很容易就捕捉到它们，就像是它们的数量还很丰富的时候一样。1980年代后半期，渔民捕捞鳕鱼的速度，超出了它们能够保持可持续量的五倍。
警告的征兆被忽略了。政府拒绝了近岸渔民对于遏制近海渔业的请求，而且对于科学家们的担忧：渔业科学家在进行评估后发现鱼源的数量很少，政府同样置之不理。当众多的近海拖网渔船都开始遇上找不到鱼的问题时，近岸渔民意识到他们的生计将会受到影响。鳕鱼在深水处越冬，等到春天来临，庞大数量的鳕鱼群会聚集在大陆架边缘产卵，之后就会跟随它们的猎物：毛鳞鱼群来到近海，在那里觅食并度过夏季。1980年代后期，仅剩下极少数鳕鱼能够来到近岸，因为在大陆架边缘作业的拖网渔船已经快把它们抓光了。
当赌徒开始赌上未来的获益时，人们就会知道他们遇上了麻烦，而这正是发生在加拿大的情况。政府制定出过分慷慨的配额，可是预期的产量却从来没有达到过。他们就像赌徒一样，最终失去了一切。1992年，对鳕鱼和鳕鱼渔民来说，一切都结束了，而且这一情形一直到今天都是如此。
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