时值大海盗时代，为了寻找传说中海盗王G（高路德），罗杰所留下的大秘宝〔ONE PIECE〕，无数海盗扬起旗帜，互相争斗。有一个梦想成为海盗的少年叫路飞，为了成为海上之王而扬帆起航了。
成功进入〔伟大航线〕的路飞一行，为阻止秘密犯罪集团B.W的颠覆阿拉巴斯坦王国计划，决定和王国的公主薇薇一起前往阿拉巴斯坦。在巨人岛和B.W展开激战后，事态发生了突变，颠覆阿拉巴斯坦计划正式开始一在迅速赶往目的地的途中，奈美却发起了高烧。为给奈美看病，路飞他们中途停靠铁桶岛，并爬上岛上唯一的医生Dr.古蕾娃居住的山顶，那里还有一个蓝鼻子驯鹿乔巴。路飞对这只可以站立行走并会说话的驯鹿非感兴趣，想邀请他加入海盗团。但是这只驯鹿内心却受过很大的创伤——六年前，乔巴很高兴地认识一位赤脚医生西尔尔克，正是这位医生为他取名叫乔巴，并把他当作儿子对待。对于一直被别人当成怪物的乔巴来说，医生是他的第一位朋友。西尔尔克深爱他的国家，试图拯救瓦波尔统治下的这个腐朽国家，但却中了瓦波尔的圈套，自杀身亡！经历了生离死别的乔巴决定继承西尔尔克的遗志，成为一名医生。他和路飞一起与重新回来夺取政权的瓦波尔展开激烈战斗。这个国家的未来究竟会怎样……