神话时代，有一群守护希腊女神雅典娜的少年。他们的拳可以划破长空，他们的脚可以碎裂大地，他们被称为“雅典娜的圣斗士”。
古拉杜财团的城户光政为培养圣斗士守护雅典娜的化身沙织和人马座的圣衣，将一百名少年送往世界各地。成为圣斗士的星矢等人和决心与邪恶根源教皇展开决战的沙织向圣域进发。
沙织被托勒密突如其来的一箭射中了，必须在十二小时内突破十二宫将教皇带来和能获救。星矢、紫龙、瞬和冰河在雅典娜的名义下与黄金圣斗士展开了激战。已被教皇洗脑的艾欧利亚像变了个人一样对星矢展开攻击。为了唤醒艾欧利亚，卡西欧士牺牲了自己的性命。看着卡西欧士这么关心莎尔娜的样子，受到震撼的星矢他们还会继续接下来的战斗吗……