本书依《神农本草经》编例，分上、中、下三品，各六卷，收药365种。全书对《本经》365味药的药品、性味、产地、功用等项一一加以考证，引据历代医药文献及相关字书与子史文献，论证详晰，于药名考证尤为周详。本书体现了作者严谨认真的治学精神，具有相当高的文献学价值。

  盖闻秦焚书，医家不预焉，则在今日，唯《本草经》一书，全然存其旧帙，固非如诗书诸经，仅得之于壁藏口授之余，此岂可不谓医林之大幸哉!是以凡其白字药名及主治，皆是上世之遗言，而其文则成于秦汉间。盖始皇武帝，俱好神仙，则为此际所述，无容疑矣。本草之目，始见汉书，殆亦以此欤。陶氏日：所出郡县，乃后汉时制，疑仲景、元化等所记。又日：至汉淳于意及华佗等方，亦皆修理药性，惟张仲景一部，最为众方之祖，又悉依本草。则华张二师亦专修本草，其黑字别录乃当时所增添亦可知也，黑字已为后汉时所记，则其白字亦必迢出于秦汉，观羽涅、蝙蝠、蚱蝉、落首、牡厉、秦椒、秦艽之类，并皆传秦语，则本经盖经秦人之手最可以征焉(说见各条下)。至于药名，多是上古俗称，如王不留行、肉纵容、百合、百部、败酱、白鲜、羊踯躅、淫羊藿、溲疏、蚤休之类，皆是野语。盖药名专取贵贱所通知，故俗之所同称为本名，所以与《尔疋》、《毛诗》不相合也。其病名亦是上古俗称，有以病证为名者，款逆、呕吐、霍乱、贲豚之类是也；有以病因为名者，中风、伤、寒、留饮、癖食之类是也。他侵目(白芷)、吐舌(薇衔)、溢筋(竹叶)、死肌(蛞蝓)等，皆他书所不载，其为古语可以知也。(其说亦见各条下)有以一类别种为一名者，其物虽异，但以其同功，遂为一名也。如雁肪一名骛肪，苋实一名马苋，款冬一名橐吾，蛞蝓一名陵蠡之类是也。有副品在本条中者，唯举主治，而不举气味，如葱实条中之薤，大豆黄卷条中之赤小豆，卤咸条中之戎盐，桑根白皮条中之五木耳之类是也。几诸药记出处其例有七，日山谷，日川谷，日川泽，日池泽，日平泽，日平谷，日平土是也。他如桑螵蛸生桑树上，蚱蝉生杨柳上，雀袭生树枝间，皆为随处所生，则不在此例。或日旧亦有山谷等语，后脱之，恐不然也。但贝母、竹叶、冬葵、五加、腐婢、因陈、白胶、鹿茸、豚卵九条，并不载所出，则明系缺脱。麻黄、厚朴、泽兰三条则《证类》不载所出，而《御览》所引尚有之，亦明是为脱，今据补正。三品位阶，今据《医心方》、《真本干金方》所载七情条例为定，二本所不载，据《新修本草》补之。至于每药次序不可复知，则姑随三品等级为定，通计几三百六十五种，虽不合上中药各百二十种，下药一百二十五种之数，然若以副品八种合并，则亦得三百六十五种(记见目录末)。有白字、黑字其名同，而其物不同者，腐婢、自瓜、麇芜之类是也；又有陶注与苏注其说自异者，石龙芮、云实之类是也；有《拾遗》与《蜀本》其物不同者，漏卢、旋华之类是也；皆同名而异物，讹混为一，是不可不正也。几日用、食物、酒醋、粳麦之类，皆白字所不载，其自非食料外，多皆药物，就中举其最有效者。此与《尔疋·释草》不收几种而收异种，有山韭、山葱、鬼葵、雀麦而无韭葱葵麦一例。盖天下自有可食之物，亦有一种不可食之物，五色芝与紫芝、藿菌与雷丸、署豫与狗脊、栝楼与土瓜之类是也。乃鸟兽类，有在人间者，亦有一种在野外者，家雁与野雁、鹜与凫、家猪与野猪、鹿与零羊、蝙蝠与天鼠之类是也。又一类中有极大者，亦有极小者，石英、贝子、苦瓠、蛇蟆、吴公(蜈蚣)之类是也，是等亦不可不究也。药名有缓呼急呼，自为二名者，本非有深义，而后世失读，转增疑惑，今一一考究，以复古义，如门冬为髦，蒺藜为茨，薏苡为吕，白莫为苻，茺蔚为蕹，女贞为桢，蓬蒙为莓，贝母为茴，蚱蝉为蝉，虾蟆为蛙之类是也。葛根一名鸡齐根，则葛缓言为鸡齐也；蘧麦一名巨句麦，则巨句麦急言为蘧麦也。此类尤多，足以辅翼《尔疋》、《说文》之读矣。又有颠倒成义者，如析荬一名蔑菥，篇蓄一名畜辩之类是也。有连文添偏旁者，丘蚓作蚯蚓，侵淫作浸淫之类是也。有省文成语者，如省泄利肠游曰泄湃，省肠湃泄利日肠泄，省鬼注蛊毒日鬼毒，省绝筋伤中日绝伤，省留饮癖食日留癖之类，亦古书自有此体例也。凡药名，草类从卅，木类从木，虫类从虫，鱼类从鱼之类，多是俗字。《说文》亦间有之，为叵辄从。盖本草一经，历世无详解。曩者大田澄元著《本草经解》，颇究国产，又论主治。铃木良知作《本经解诂》，考证亦精，然亦不过引明清诸家说以释之，未为善读古书也。冈邮尚谦述《本草古义》先举国名，次说形状，次揭产地，多所发明，但所见未透，不免以李氏《纲目》校正《本经》之通弊，尚乌知其问有古字古义，足以订说文之误者哉。今余著是编，特异于此矣。舍字而取音，舍音而取声，盖四声元是一声，就声而得字，就字而得义，有义而后有方言。方言亦有缓急颠倒之不同，错综考究，而后始可以得其本义，是吾一家之读法也。今举其一二：山蓟字，《本经》作术，与《尔疋》合而《说文》秫稷之黏者，或作术。术即为秫之古字。山蓟之根黏液甚多，故以名术，乃假黏稷字以为草名也。而《说文》别有茉以分黏稷字，今窃目之为晚近俗篆也。参之为言三也，盖此草三极，不与凡草类，故单名参。其根成人形，故亦名人参，以分其他五参也。而《说文》作菠，云人菠，药舯出上党。说者谓菠，为本字，参为假借，今从参得义。而他书未见用菠者，则菠字亦当为晚近俗篆也。雁肪即为家雁之肪，家雁为鹅，与《说文》雁鹅也合。所以从人，自经典以雁为野雁字，以鹅为家雁字，而从人之义湮焉。蠡实之蠡，为分解之义。盖其实熟则三裂分离，故以名。而《说文》乃作荔，此亦当与莱、菠等一例，可见《本经》古字古义全然具存，足以订《说文》之误，此类甚多。皇国古名，一据《本草和名》、《和名类聚钞》、《医心方》等诸书录之，至于其名义，亦一一为之解，不审者阙焉。凡所引用诸书，皆系李唐以上之说，赵宋以后断不复取，但《太平圣惠方》、《太平御览》二书存唐以前遗文，今引用之，共依枫山御库所藏宋板。至于《圣惠方》药味分量及方后之文，悉改换旧面，乃《御览》亦间有引用晚近诸书者，皆系宋臣所增，非可为一例也。今所依据《证类本草》大全本，则为元大德壬寅刊本，政和本则为明成化戌子重雕元大德丙午刊本，共为善本。宋板今无传本，则舍是无可据。大全元板避孝宗嫌名，则知其原出南宋刊本也。从来注本草家唯恐见闻之不多，盖非身履其地、目击实验之，则适以滋惑，故先辈往往有诸国采药录。余壮时落魄于相阳十余年，刀圭余暇，跋涉山川，与樵渔为邻，故于实际略有所得，是亦不幸中之幸也。窃惟古昔圣帝屡通使于李唐，而唐人亦时来朝于我，以故一切制度、衣服、车器，无不依仿也。在延喜间，深根辅仁撰《本草和名》，直以我名充彼名，其无国产者则书一唐字，亦皆有所受而言也。承平中源顺著《和名类聚钞》多据辅仁书，而问或引用弁色立成《汉语抄》二书。至嘉元正和间，棍原性全撰《顿医抄》、《万安方》二书，其所引用，犹是《新修本草》真本。凡此皆其卓卓可尊奉者矣，故今亦据以为征。原夫庆长以来，以本草为家者，互骋意见，徒竞新奇，亦唯率以李氏《纲目》奉为圭臬。其他府志县志所载某物为某之类，往往近似斗草之戏，竟不知古本草之为何物，抑亦何益哉。然其间精究实理不能无可采用，则亦在所不废也。余自幼枕藉此经，萤雪余光，手不舍笔，盖卅年于此矣。花间月下，在浮白飞觞之间，未尝不一念及此，稍稍有所发明，窃谓得古本草之微。著为此编，以俟后之君子。若谓上以扬起古人，下以阐发后生，则吾岂敢乎。

安政五年岁次戊午二月廿日，五更灯下，书枳园，拙者源寺乡。