汤姆幼年丧母，由姨妈收养。聪明顽皮的汤姆受不了姨妈和学校老师的管束，常常逃学闯祸。一天深夜，他与好朋友哈克贝利·费恩到墓地玩耍，无意中目睹了一起凶杀案的发生。因为害怕被凶手发现他们知道这件事，汤姆、哈克贝利带着另一个小伙伴一起逃到一座荒岛上做起了“海盗”，弄得家里人以为他们被淹死了，结果他们却出现在了自己的“葬礼”上。经过激烈的思想斗争，汤姆终于勇敢地站出来，指证了凶手。不久之后，在一次野餐活动中，他与他心爱的姑娘贝琪在一个岩洞里迷了路，整整三天三夜饥寒交迫，面临着死亡的威胁。后来终于成功脱险，和好友哈克一起找到了凶手埋藏的宝藏。

第一章 汤姆耍斗，东躲西藏
第二章 无奈刷墙，成绩辉煌
第三章 打仗、恋爱忙得汤姆不亦乐乎
第四章 主日学校，风头出尽
第五章 礼拜添花样，大钳甲虫戏小狗
第六章 汤姆识贝基，耳痛心欢喜
第七章 扁虱之争，贝基伤心
第八章 勇当海盗，预演绿林
第九章 坟地惨案，波特受过
第十章 狗吠不祥，雪上加霜
第十一章 波特有口难辩，汤姆良心受谴
第十二章 汤姆喂猫药，姨妈心开窍
第十三章 海盗扬帆，准备远航
第十四章 海盗们野外乐逍遥
第十五章 汤姆回家暗访，心花怒放返营房
第十六章 初学抽烟，丢了小刀
第十七章 海盗们为自己送葬，教堂现真相
第十八章 汤姆托梦骗姨妈，贝基借故寻报复
第十九章 汤姆花言巧语，姨妈慈悲心肠
第二十章 心连心，汤姆代人受过
第二十一章 流利的口才，老师的镀金脑袋
第二十二章 哈克贝利·费恩引经弄典
第二十三章 波特无罪，乔逃亡在外
第二十四章 白天神气十足，夜里提心吊胆
第二十五章 掘地寻宝，空手而归
第二十六章 真正的强盗找到了一箱金子
第二十七章 忐忑不安的跟踪
第二十八章 巢穴追踪，汤姆发现新线索
第二十九章 哈克静心守夜，寡妇幸免遭难
第三十章 汤姆和贝基山洞被困
第三十一章 得而复失
第三十二章 大家快起来，孩子找到了！
第三十三章 印第安·乔困死山洞
第三十四章 黄金如山，富了汤姆与哈克
第三十五章 受人尊敬的哈克与强盗为伍
结 束 语

小说的故事发生在19世纪上半世纪美国密西西比河畔的一个普通小镇上。主人公汤姆·索亚天真活泼、敢于探险、追求自由，不堪忍受束缚个性、枯燥乏味的生活，幻想干一番英雄事业。小说的时代在南北战争前，写的虽是圣彼得堡小镇，但该镇某种程度上可以说是当时美国社会的缩影。小说通过主人公的冒险经历，对美国虚伪庸俗的社会习俗、伪善的宗教仪式和刻板陈腐的学校教育进行了讽刺和批判，以欢快的笔调描写了少年儿童自由活泼的心灵。