主人公玛丽是一个相貌平平、性格孤僻的小女孩，从小跟随父母在印度生活。父母双亡后，她被送到英国的姑父家———米塞尔荒原边上的一座阴沉、空旷的大宅院居住。骤到一个陌生的环境，玛丽感到格外孤独寂寞。她听说姑父有一个尘封了十年的秘密花园后，在好奇心的驱使下，踏上了寻找这座“沉睡”许久的秘密花园的旅程。终于，她在一簇灌木丛中找到了开启秘密花园的钥匙，并在一只知更鸟的指引下，打开了秘密花园的门。秘密花园一片荒芜，玛丽决定让它复苏。在整理秘密花园的过程中，玛丽认识了姑父的儿子科林。科林自幼身体羸弱，缠绵病榻，性格孤僻，动辄大发脾气、歇斯底里。玛丽为了帮他恢复生命的活力，把他带到生机勃勃的秘密花园。在这个阳光明媚、绿草如茵、鸟语花香的天堂般的世界里，大自然打开了孩子们封闭的心门，魔法般地在他们身上注入了无穷的活力，他们摆脱了噩梦般的生活，创造了生命的奇迹。