有恐怖集团袭击了国立微生物研究所，抢走了致命的细菌，并且他们劫持了柯南等人乘坐的正从东京飞往大阪的飞艇。
如果细菌在大阪的上空被散播传布，会造成无可挽回的惨重后果！
以铃木次郎吉为了捕捉基德而建造的世界头号飞艇为舞台，柯南和基德联手挑战恐怖集团！

青山刚昌，漫画家。1963年生于鸟取县。1986年凭《等我一下》入选第19届小学馆新人漫画大奖，并以该作品出道。1993年，《剑勇传说》获第38届小学馆漫画奖（儿童漫画类）。2001年，《名侦探柯南》获第46届小学馆漫画奖（少年漫画类），目前《名侦探柯南》仍在《周刊少年Sunday》上连载。他还是巨人棒球队的铁杆球迷。

《天空的遇难船(上)/名侦探柯南剧场版》无目录

高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下，他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
在《天空的遇难船(上)》中，柯南又将有什么经历？