焦循的著作,较重要的有《雕菰楼易学三书》、《雕菰集》、《孟子正义》、《易学籥录》、《六经补疏》、《里堂学算记》、《古文尚书辨》、《毛诗草木鸟兽虫鱼释》、《毛诗地理释》、《诗笺异同释》等数十种,还有《足徵录》、《邗记》、《里堂道听录》、《三礼便蒙》、《理堂日记》、《注易日记》、《里堂文稿》、《雕菰续集》、《里堂诗集》、《里堂札记》、《里堂词集》、《里堂书品》等,一共达到四百五十余卷,内容涉及经学、文学、史学、数学、天文、历法、医学、戏曲、金石、建筑和堪舆等领域。扬州学派领袖阮元誉之为“扬州通儒”。《剧说疏证/古代曲学名著疏证》由龚贤疏证。