本书围绕科学与宗教的相互关系这一线索而展开。首先指出，在达尔文之前，科学与宗教曾经有过一段相互促进的和谐期，表现为达尔文之前的科学家们大多是纯正的基督教徒。在宗教信仰上，达尔文就此成为一个不可知论者。后达尔文时代从此步入科学与宗教的分道扬镳期。

本书的特色在于，以达尔文进化论的出现作为关键事件，在此基础上讨论科学与宗教在不同阶段所呈现出的不同关系，最终引出当代社会两大重要问题：从智能设计论来讨论科学的本质；从社会生物学来讨论人性的本质。科学与人性在此基础上得以贯通。

第一章　神话：人类文明的源头

第二章　古希腊：科学之源头所在

第三章　星空诉说的奥秘

第四章　伽利略：如何解读宇宙这本大书

第五章　上帝说，让牛顿出世吧

第六章　自达尔文以来

后记