神话时代，有一群守护希腊女神雅典娜的少年。他们的拳可以划破长空，他们的脚可以碎裂大地，他们被称为“雅典娜的圣斗士”。
古拉杜财团的城户光政受艾俄洛斯之托收养了雅典娜的化身沙织和保存人马座的圣衣，并为了培养新的圣斗士，将自己的一百个亲生儿子送往世界各地。其中星矢等十名少年成功地成为了圣斗士，并取得圣衣陆续回到了日本。长大后的沙织以雅典娜之姿觉醒，决心与圣域中邪恶的根源教皇展开决战。星矢、紫龙、冰河、瞬也一起前往圣域。沙织被托勒密突如其来的一箭射中胸口，必须在十二小时内突破十二宫将教皇事业才能获救。对教皇持怀疑态度的穆与阿鲁迪巴放星矢他们通过了，下一关等待他们的是谜一般的双子座的圣斗士！