疫苗开发是首先得益于基因组学、蛋白质组学和生物信息学等高新技术的诸多领域之一。目前已获得了很多细菌的全基因组序列，并逐步了解了其致病性菌株(与非致病菌株比照)的作用机理，由此研制出的现代疫苗可以针对传统疫苗不能发现的特殊基因产物。本书阐述了疫苗开发领域的最新进展，结合实例详述了研制新型疫苗的不同方法。贯穿全书，重点引介了一个崭新的疫苗设计策略——以基因组序列为基础的“反向疫苗学”。

“绪论篇”是疫苗研究的概述，并指出了基因组学方法与传统方法的互补作用；“技术篇”重点在于阐述新的疫苗研发技术，例如基因组序列分析、DNA微列阵、蛋白质组学和高通量克隆技术；“应用篇”是本书的特色部分，共用6章的篇幅论述了在寻找新的抗菌疫苗中如何应用基因组学和蛋白质组学技术，涉及的目标致病菌包括：B群脑膜炎球菌、链球菌、衣原体和假单胞菌。

近年来发生的SARS、禽流感警示我们：传染病再次威胁着人类的健康！由于抗生素耐药性的增强，使得预防重于治疗的策略更为重要。本书描述的基于基因组学的方法有助干加速疫苗的开发，以裨益于人类健康。

本书是一部介绍疫苗工程最新进展的专著，原著由35位专家共同撰写。全书共13章，从疫苗产生的历史、目前存在的问题，以及借几个应用“反向疫苗学”最近取得成功的例子来详细、系统地介绍了一种综合应用生物信息学、基因组学、蛋白质组学等相关技术研制疫苗的新的技术平台。它可较现用传统方法以更快的速度和更大的成功概率研制新型疫苗。涉及的技术包括：基因组测序和分析、DNA微阵列、二维电泳和二维色谱、质谱分析、高通量蛋白质表达和纯化以及应用这些方法快速筛选候选疫苗的范例，并详细列出有关文献和网站地址等，以供读者进一步参考。此外，在探讨应用基因技术开发新型疫苗的内容中，本书还对几种重要的临床病原微生物的生物学和致病机制进行了阐述。

本书内容新颖、丰富，实用性强，适合于药物开发和生物制品领域中从事疫苗研发的科技人员，以及科研院所、大专院校相关专业的师生参考阅读。

绪论篇

1 疫苗接种的今昔和未来

 1.1 引言

 1.2 疫苗接种的历史

 1.3 疫苗接种的现状

1.3.1 共轭连接的疫苗

1.3.2 DNA重组技术研制亚单位疫苗

 1.4 疫苗接种的未来

1.4.1 反向疫苗学

1.4.2 改进接种的途径：黏膜免疫

 1.5 结论：疫苗接种的无形价值

 参考文献

2 生物信息学、DNA微阵列和蛋白质组学：寻找疫苗中的互补

 2.1 引言

 2.2 从基因组序列到发现疫苗

 2.3 个案分析：抗B群脑膜炎球菌疫苗

2.3.1 计算机分析途径

2.3.2 转录组分析途径

2.3.3 蛋白质组分析途径

 2.4 三种方法的比较

 2.5 结论：发现疫苗的一种新的技术平台

 参考文献

技术篇

3 基因组测序和分析

 3.1 引言

 3.2 基因组测序

3.2.1 文库构建和模板准备

3.2.2 高通量测序

3.2.3 基因组序列组装

3.2.4 基因组结尾

3.2.5 完整的和草图式的基因组测序

3.2.6 新的测序技术

 3.3 基因组分析

3.3.1 注释流程

3.3.2 比较基因组学

3.3.3 全基因组分析

3.3.4 确定候选疫苗

 3.4 结论

 参考文献

4 理解DNA微阵列：DNA微阵列数据集变异的来源和幅度

 4.1 引言

 4.2 DNA阵列格式

4.2.1 原位合成寡核苷酸阵列

4.2.2 预合成的DNA阵列

4.2.3 基于滤膜的DNA阵列

 4.3 数据分析方法

4.3.1 少量重复实验标准差的可靠估计

4.3.2 整体假阳性水平的估计

 4.4 DNA微阵列实验中噪声的来源和幅度

4.4.1 数据集

4.4.2 数据分析

4.4.3 滤膜实验测量值的相关性

4.4.4 成对实验之间的相关性

4.4.5 组与组之间的相关性(每四个实验一组)

4.4.6 用Affymetrix MAS4.0、MAS5.0或dChip软件处理的基因芯片数据的相关性

 4.5 结论

 致谢

 参考文献

5 蛋白质组

 5.1 引言

 5.2 一些定义

 5.3 现存的解决蛋白质组学复杂问题的方法

5.3.1 标准的二维图谱分析

 5.4 定量蛋白质组学

 5.5 蛋白质组分析中的初步分离

5.6 多维色谱

5.7 蛋白质芯片阵列

5.8 质谱成像

 致谢

 参考文献

6 蛋白质组学中的质谱技术

 6.1 引言

 6.2 质谱技术

6.2.1 电离

6.2.2 离子分析

6.2.3 串联质谱

6.2.4 仪器

 6.3 利用质谱数据鉴定蛋白质的原理

6.3.1 肽质量指纹和MS/MS

6.3.2 蛋白质鉴定工具

 6.4 蛋白质组工作流程

6.4.1 经典的基于凝胶的方法

6.4.2 分子扫描仪方法

6.4.3 多维蛋白质鉴定技术

6.4.4 同位素标记的亲和标签方法

6.4.5 表面增强激光解吸电离方法

6.4.6 其他技术

 参考文献

7 高通量克隆、表达和纯化技术

 7.1 引言

 7.2 基因克隆

 7.3 表达蛋白

 7.4 高通量蛋白纯化

 7.5 表达纯化流程的确认和展望

 7.6 结论

 参考文献

应用篇

8 B群脑膜炎球菌：从基因组到疫苗

 8.1 脑膜炎球菌——细菌性脑膜炎的主要病因

8.1.1 微生物学特征与发病机制

8.1.2 预防：奈瑟菌疫苗技术的现状

 8.2 B群脑膜炎球菌疫苗——反向疫苗学实例

8.2.1 血清B群脑膜炎球菌的全基因组序列

8.2.2 实验策略

8.2.3 新候选疫苗的功能鉴定

 8.3 结论

 参考文献

9 抗致病性链球菌的疫苗

 9.1 引言

 9.2 链球菌的比较基因组学

 9.3 一种抗B群链球菌的疫苗

9.3.1 基本原理

9.3.2 表面暴露蛋白的计算机鉴定

9.3.3 高通量克隆与表达

9.3.4 抗原的初步筛选

9.3.5 保护性的证明

9.3.6 菌株抗原序列的变异

 9.4 一种抗A群链球菌的疫苗

 9.5 结论

 参考文献

10 “抗原组”的鉴定——一种设计与发展抗致病菌亚单位疫苗的新工具

 10.1 引言

 10.2 小DNA插入文库——覆盖一种致病菌“抗原组”的工具

 10.3 合适的展示平台

 10.4 选择性人类血清——为遭遇致病菌提供印迹

 10.5 同源抗体揭示致病菌的“抗原组”

 10.6 从“抗原组”回收开发疫苗的候选抗原

 10.7 总结与讨论

 参考文献

11 从衣原体基因组寻找新的候选疫苗

 11.1 衣原体疫苗的老问题和新前景

 11.2 后基因组方法

 11.3 基因组学筛选结果

11.3.1 肺炎衣原体候选疫苗

11.3.2 沙眼衣原体候选疫苗

11.3.3 体内评估

 11.4 综合意见

 11.5 总结

 参考文献

12 蛋白质组学和衣原体疫苗

 12.1 引言

 12.2 蛋白质组分析

12.2.1 原体(EB)的蛋白质

12.2.2 不同血清型原体的蛋白质组比较

12.2.3 依赖于IFN-γ对衣原体的抑制

12.2.4 IFN-y对沙眼衣原体下调的蛋白质

12.2.5 IFN-y诱导沙眼衣原体的色氨酸合酶

12.2.6 蛋白质的区室化

12.2.7 RB特异蛋白

 12.3 蛋白质组学是对基因组学的一个补充

12.3.P 纠正计算机对ORF的注释

12.3.2 未识别的小ORF

 12.4 蛋白质组学有益于疫苗研发

 参考文献

13 发现疫苗：铜绿假单胞菌的外膜蛋白和胞外蛋白的蛋白质组分析

 13.1 引言

 13.2 铜绿假单胞菌的膜蛋白

13.2.1 铜绿假单胞菌外膜蛋白的蛋白质组学

 13.3 铜绿假单胞菌的胞外蛋白

13.3.1 铜绿假单胞菌胞外蛋白的蛋白质组学

 13.4 免疫原性蛋白和发现疫苗

 13.5 结论

 参考文献

索引