本书是一部指导生物芯片研究人员进行实验室操作的技术手册。主要包括四个方面的内容：主要的生物芯片技带；生物芯片实验室与相关仪器设备；生物芯片数据统计分析和数据管理的知识；生物芯片的应用，书中包含大量生物芯片技术的技术细节和实践技巧，并重点提示了如何制备高质量的生物芯片。

本书适用于生物芯片研究的技术人员，同时也可供相关专业的研究生参考。

1生物芯片技术简介陈忠斌王艳华译1

11引言2

12DNA微阵列芯片的发展过程2

13DNA微阵列和基因芯片3

14基于启动子的DNA微阵列芯片5

15生物芯片操作中遇到的问题6

16芯片检测方法6

17结论7

参考文献7

2微阵列生物芯片操作的实验室自动化马卓娅汤华译9

21为什么要实现实验室的自动化操作？10

22定制微阵列芯片的制作10

23杂交系统的自动化13

24芯片数据的读取——扫描仪13

25实验室的常规自动化16

26总结18

参考文献18

3DNA芯片与生物芯片中心实验室刘全俊潘品良译19

31引言20

32点样芯片——寡核苷酸或PCR扩增子？21

33DNA的高通量扩增21

34小鼠单基因微阵列的制备25

35RNA的确定和荧光靶标的标记26

36标记靶标的评价28

37微阵列芯片的预扫描28

38杂交和扫描29

39点制芯片的质量控制30

310芯片点样仪和扫描仪31

311数据分析——克隆跟踪、芯片寻点(spotfinding)以及数据发掘32

312结论35

参考文献39

4生物芯片的纳米颗粒标记刘全俊陆祖宏潘品良译40

41引言41

42RLS粒子作为超灵敏检测标记物的基本原理41

43光散射理论和选择便于超灵敏检测的颗粒大小组分42

44仪器50

45蛋白质、DNA探针及配体与RSL颗粒的交联51

46RLS颗粒在固相检测分析中的检测灵敏度和检测范围51

47应用52

致谢58

参考文献59

5如何评估生物芯片扫描仪潘品良刘全俊译60

51引言61

52扫描仪的校准61

53总结67

参考文献69

6全基因组水平mRNA表达谱分析在农业基因组学研究中的

应用周鑫徐文英译70

61引言71

62基因转录谱分析芯片72

63对未测序植物的可选方法73

64农业研究中的应用范围73

65整合互补的基因组数据74

66结论75

参考文献76

7生物芯片技术在药物靶标确证和新药发现中的应用文思远王升启译80

71基因组学和药物发现81

72单核苷酸多态性和Crohn病82

73微阵列技术和精神分裂症83

参考文献85

8蛋白质芯片在蛋白质组学中的应用周华蕾马玉媛吕茂民译

章金刚校87

81引言88

82芯片构造与表面化学88

83结合蛋白的检测91

84蛋白质芯片的应用93

85结论94

致谢94

参考文献95

9SpanscriptＴＭ：快速获取非冗余cDNA3′端文库用于制备微阵列芯片的

方法仇华吉刘丽玲译97

91引言98

92Spanscript方法学99

93用于微阵列芯片的３′ cDNA文库（探针库）制备102

94Spanscript技术应用实例102

95基本原理103

96Spanscript软件104

97讨论105

参考文献107

10生物芯片数据管理陆祖宏刘全俊潘品良译108

101引言109

102微阵列数据库的分析模块110

103微阵列数据分析中的噪声采样115

104数据共享和查询120

105微阵列芯片实验室信息管理系统121

106GeneDirector自定义121

107总结121

参考文献122

11用LFC模型从芯片数据中鉴定差异表达基因仇华吉李娜译123

111引言124

112将LFC模型应用于实验数据集125

113结论129

参考文献130

12应用50mer寡核苷酸芯片分析线虫基因表达高志贤张蕾刘楠译

陈忠斌校131

121引言132

122结果133

123讨论142

124方法144

致谢146

参考文献146

13生物芯片技术检测大鼠体内药物诱导氧化酶P450 mRNA及其他药物代谢

相关基因表达水平:在药物筛选与开发中的应用马卓娅汤华译

陈忠斌校148

131引言149

132材料和方法149

133结果151

134讨论154

致谢158

参考文献158

14寡核苷酸芯片技术在突变分析中的开发与应用文思远王升启译159

141引言160

142寡核苷酸制备161

143点样过程163

144样品制备165

145杂交和洗涤169

146芯片扫描和数据分析171

致谢172

参考文献172

15生物芯片技术比较、统计分析和实验设计付俊杰苏震译174

151引言175

152芯片基因表达平台175

153芯片偏差的统计分析178

154偏差来源179

155统计学定义179

156芯片功效分析181

157跨平台数据185

158样点形态185

159功能质量控制187

1510芯片质量控制：对照探针188

1511芯片质量控制：检测探针190

1512应用CodeLink Mouse Uniset Ⅰ芯片的生物实验190

1513公共基因表达数据193

1514可供搜索的公共基因表达数据库和通用数据格式193

1515基因表达谱：差减杂交与微阵列芯片194

1516讨论196

参考文献208

16INFINITITM系统：临床实验室的自动化多功能芯片平台

周华蕾姚站馨吕茂民译章金刚校212

161引言213

162BioFilmChipTM微阵列芯片214

163INFINITITM分析仪215

164QmaticTM操作软件216

165IntellipacTM试剂管理模块217

166INFINＩTITM系统的应用实例：实验过程及结果分析218

167结论220

致谢220

参考文献221

附录Ⅰ高志贤张蕾刘楠译陈忠斌校222

1RNA的分离222

2荧光标记靶基因225

3分光光度法定量检测Cydye标记的靶标231

4用Amersham GENⅢ Microarrayer在氨基硅烷玻片上点制微阵列芯片232

5芯片手工杂交操作程序233

6芯片扫描234

附录Ⅱ高志贤张蕾刘楠译陈忠斌校235

1 寡核苷酸探针与扩增子探针235

2 芯片表面235