《中国药用植物志》编写的定位是介绍中围药用植物资源和准确鉴定药用植物的种类（亚种、变种和变型）的工具书，同时反映各种药用植物的现代化学、药理和药材等方面的研究成果和资料，因此编写项目的设定和要求、给出的图像和图版、引证的文献均符合上述目的。
《中国药用植物志》收载有文献记载的中国药用植物12000余种（包括种下分类群），分13卷出版，其中前12卷为正篇，每卷收载1000种左右，每卷后附有该卷收录的药用植物中文名与拉丁名索引；3卷附篇名为《中国药用植物志词》，汇编了本志收录的药用植物相关学科的专业词汇，兼作综合索引，内容包括全书收载的药用植物中文名称索引、拉丁名称索引、英文名称索引、中拉英名称互译、化学成分的中英文名称互译及其原植物来源等，使其既可作为阅读药用植物的科技文献工具书使用，又可方便查到正篇中词汇的出处。
《中国药用植物志》收载的种类主要为高等植物，亦收集了重要的药用藻类、真菌与地衣。高等植物科的顺序排列：苔藓类采用陈邦杰（1972）的顺序，蕨类植物采用秦仁昌分类系统（1978），裸子植物采用郑万钧分类系统（1978），被子植物采用恩格勒分类系统（1964）（个别科有调整）。低等植物中药用种类较少，依照《中国中药资源志要》（1994）顺序排列，科特征和属、种检索表从略。
高等植物每个科下为总论，主要包括三部分内容。靠前部分介绍科的简要特征，其中还包括本科植物世界分布的属和种的数目、在我国分布的属和种的数目以及在靠前分布的药用属和种的数目；第二部分概括性叙述该科特征性化学成分和主要活性成分及其作用；第三部分为靠前本科具有药用种类的属的

千屈菜科
1.水苋菜属
1.水苋菜.
2.耳基水苋菜
2.节节菜属
1.节节菜
2.异叶节节菜
3.圆叶节节菜
4.薄瓣节节菜
5.轮叶节节菜
3.千屈菜属
1.千屈菜
2.光千屈菜
3.多枝干屈菜
4.虾子花属
1.虾子花
5.紫薇属
1.紫薇
2.大花紫薇
3.南紫薇
4.绒毛紫薇
6.散沫花属
……
菱科
桃金娘科
海桑科
石榴科
玉蕊科
野牡丹科
红树科
使君子科
柳叶菜科
小二仙草科
杉Ⅱ十藻科
锁阳科
八角枫科
蓝果树科
珙桐科
山茱萸科
五加科
伞形科
岩梅科
桤叶树科（山柳科）
鹿蹄草科
杜鹃花科
紫金牛科
报春花科