大地和明日奈外出执行任务的时候，遇到了熔铁怪兽迪玛伽。为了保护大地，艾克斯和大地合体，成为艾克斯奥特曼，打败了熔铁怪兽。当大家在作战指挥总部会议室庆祝的时候，突然响起了警报，原来在芭罗慈遗迹发现异常电磁波，神木队长派大地与明日奈前往调查，在芭罗慈遗迹处遇到了玉城教授和她的儿子悠斗，以及卡洛斯传媒公司的黑崎先生，他擅自爆破了巴萝慈遗迹的入口并进入遗迹。进入遗迹后，一行人发现了超古代巨人迪迦奥特曼的石像，还有一块有文字的石碑，石碑上还有有一块青石。一心想出名的黑崎先生要带走青石，玉城教授告诉他这样做可能会有很严重的后果，最终玉城未能阻止黑崎先生，芭罗慈遗迹开始坍塌。

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