中日黄檗山志五本，指的是福建福清黄檗山萬福禪寺的相關寺志四本，亦即明朝崇禎年間編《黄檗寺志》三卷、南明永曆年間編《黄檗山寺志》八卷、清朝道光年間編《黄檗山寺志》八卷、南明永曆年間编《獅子巖志》二卷，以及京都黄檗山萬福禪寺於日本宽文年間所编寺志《新黄檗志略》二卷。本書是這五本志書的合刊，並加以標注。

前序
『中日黃檗山志五本合刊』解題
崇楨『黃檗寺志』
黃檗寺志卷之一 山寺
黃檗寺志卷之二 僧法
黃檗寺志卷之三 文逸事
永曆『黃檗山寺志』
黃檗山寺志卷一 山
黃檗山寺志卷二 寺
黃檗山寺志卷三 僧
黃檗山寺志卷四 法
黃檗山寺志卷五 塔
黃檗山寺志卷六 外護
黃檗山寺志卷七文
黃檗山寺志卷八 釋詩偈
道光『黃檗山寺志』
黃檗山寺志卷一 山
黃檗山寺志卷二 寺
黃檗山寺志卷三 僧
黃檗山寺志卷四 法
黃檗山寺志卷五 塔
黃檗山寺志卷六 外護
黃檗山寺志卷七 文
黃檗山寺志卷八 釋詩偈
寬文『新黃檗志略』
新黃檗志略卷上 山寺僧法外護文
新黃檗志略卷下 詩
永曆『獅子巖志』
獅子巖志卷上
獅子巖志卷下
中日黄檗山千年大事記
後記