大约在二十七亿年前，地球上还没有其他生命体，微生物家族主宰着地球，有一种叫作古菌的微生物与我们所熟知的细菌共生在地球上。
由于大气层中氧气逐渐聚集，甲甲、热热、盐盐三个生活在无氧大气层中的古菌被迫潜入深海休眠。亿万年后的某天，一只庞然大物的出现打破了古菌三兄弟的美梦，面对它的抓捕，三兄弟极力摆脱却没能成功，最终被带离深海。原来，在古菌三兄弟沉睡的亿万年间，人类文明逐渐在地球繁荣，捕捉它们的正是人类科学研究员。然而，三兄弟并不打算束手就擒。在这片未知的环境中，它们该如何求生？又会结识哪些微生物？

最古老的居民
伙伴的到访
家族的迁徙
降落大海
深海里的怪物
大海里的家
休眠的终止
未知的恐惧
鼎力相助
逃跑计划
生机
虎鲸的遭遇
拯救虎鲸危机
森林的净化
团结的大本营
辛勤的劳动者
水中部队
水中探险
误闯动物世界
细菌大迁徙
产奶的奶牛
有毒的食物
小不点大用处
细菌生物农药
肥料供给者
神奇的发电工
醉酒的农场主
污染源大作战
水污染危机
不可攻克的禁区火山
踏进神秘的禁区
秘密细菌空间站
细菌的温床
无情的火
顽强的意志
疯狂的外星客
细菌性肺炎
危险处急速逃离
漏网之鱼
功不可没的队医