本书紧扣学科发展前沿，以白花泡桐基因组精细图谱为基础，反映泡桐丛枝病发生过程中表观遗传学的最新研究成果，重点介绍了丛枝病发生前后，泡桐染色质三维结构的差异、丛枝病发生相关基因和DNA甲基化变化、组蛋白甲基化和乙酰化的异同，以及丛枝病发生相关ceRNA调控网络、丛枝病发生特异相关基因及其调控途径。本书对逆境条件下林木功能基因挖掘和遗传改良具有一定借鉴意义。
本书可供植物病理、林学等相关专业的本科生、研究生、教师和从事相关研究的科研人员参考。

第一章 绪论
第一节 植物植原体病害
一、植原体的发现及特征
二、植原体的分类及检测方法
三、植原体病原研究进展
四、植原体致病机理研究
第二节 泡桐丛枝病研究进展
一、泡桐丛枝病概述
二、泡桐丛枝病研究概况
第三节 表观遗传学研究进展
一、染色质三维构象的研究
二、m6A甲基化修饰
三、染色质开放性
四、DNA甲基化
五、组蛋白修饰概述
六、蛋白质翻译后修饰
七、植物病害发生与ceRNA变化
第四节 研究意义
第二章 泡桐丛枝病发生模拟系统的建立
第一节 不同处理条件下泡桐幼苗形态和丛枝植原体含量变化
一、不同处理条件下泡桐幼苗形态变化
二、不同处理条件下泡桐幼苗丛枝植原体含量变化
第二节 泡桐丛枝病发生模拟系统的研究
一、丛枝病幼苗形态与植原体含量变化的关系
二、泡桐丛枝病发生模拟系统的建立
第三章 丛枝病发生与白花泡桐染色质三维结构变化的关系
第一节 植原体入侵与白花泡桐染色质三维结构变化的研究
一、Hi-C数据处理与分析
二、白花泡桐全基因组染色质相互作用的高分辨率3D图谱
三、丛枝植原体入侵后白花泡桐染色质三维结构的差异
四、染色质三维结构中A/B区室的鉴定及转换
五、拓扑相关结构域（TAD）的鉴定
六、染色质环的鉴定及变化
七、白花泡桐染色质三维结构模型的构建
第二节 植原体对白花泡桐染色质结构和基因表达变化的影响
一、植原体入侵白花泡桐后染色质结构变化与基因表达的关系
二、联合分析受染色质结构、组蛋白修饰和转录调控变化影响的基因
第四章 丛枝病发生与泡桐m6A的变化关系
第一节 白花泡桐m6A测序数据分析
一、m6A测序数据统计分析
二、丛枝病苗m6A图谱构建及m6A peak分析
三、m6A基序的鉴定
四、丛枝植原体对白花泡桐基因表达的影响
五、MeRIP-qRT-PCR验证
六、m6A修饰影响选择性剪接
第二节 丛枝病发生对m6A甲基化修饰基因的影响
一、m6A测序与转录组测序的关联分析
二、丛枝病发生特异相关的甲基化修饰基因分析
三、STM、CLV2维持茎端分生组织的稳定性受m6A修饰的调控
第五章 丛枝病发生与泡桐染色质可及性的变化关系
第一节 ATAC-Seq测序数据分析
一、ATAC-Seq测序数据统计和质量评估
二、ATAC-seq的peak分析
三、样本间的开放性差异分析
第二节 植原体侵入导致的泡桐染色质开放性差异调控区关联转录因子分析
一、植原体感染导致的差异调控区分析
二、泡桐丛枝病的发生受多种转录因子调控
第六章 丛枝病发生与DNA甲基化的变化关系
第一节 不同试剂处理对白花泡桐丛枝病幼苗DNA甲基化的影响
一、MMS处理对白花泡桐丛枝病幼苗DNA甲基化的影响
二、利福平处理对白花泡桐丛枝病幼苗DNA甲基化的影响
第二节 丛枝病发生与基因表达的变化关系
一、MMS处理对白花泡桐丛枝病幼苗基因表达的影响
二、利福平处理对白花泡桐丛枝病幼苗基因表达分析
三、WGCNA共表达分析
四、与丛枝病相关基因的筛选
第三节 丛枝病发生与DNA甲基化基因表达变化的关系
一、DNA甲基化对基因表达的影响
二、DNA甲基化差异基因的功能分析
三、基于转录组和DNA甲基化组的丛枝病相关基因的筛选
四、qRT-PCR验证
五、BS-PCR验证
第七章 丛枝病发生与组蛋白修饰变化的关系
第一节 丛枝病发生与组蛋白甲基化的关系
一、植原体入侵对白花泡桐形态和组蛋白甲基化修饰的影响
二、ChIP-Seq数据处理与比对统计
三、组蛋白甲基化修饰的全基因组分布模式
四、丛枝病发生和恢复过程中组蛋白甲基化修饰水平的动态变化
五、丛枝病发生和恢复过程中基因表达水平的动态变化
六、组蛋白甲基化修饰对基因表达的影响
第二节 丛枝病发生与组蛋白乙酰化的关系
一、植原体入侵对白花泡桐组蛋白乙酰化修饰的影响
二、ChIP-Seq数据处理与比对统计
三、组蛋白乙酰化修饰的全基因组分布模式
四、丛枝病发生和恢复过程中组蛋白乙酰化修饰水平的动态变化
五、组蛋白乙酰化修饰对基因表达的影响
第三节 丛枝病发生与组蛋白甲基化和乙酰化修饰酶的变化分析
一、PfHM基因家族的鉴定
二、PfHM基因在染色体上的分布
三、PfHM基因家族系统进化和保守结构域分析
四、PfHM基因在其他物种中的同源基因分析
五、PfHM基因响应植原体入侵的表达模式
第八章 丛枝病发生的蛋白质组学研究
第一节 泡桐丛枝病发生与定量蛋白质组测序
一、定量蛋白质组学基本信息
二、蛋白质功能分析
第二节 泡桐丛枝病发生相关蛋白质的筛选
一、转录组与蛋白质组关联分析
二、非编码RNA与蛋白质组关联分析
三、响应植原体入侵的差异蛋白质鉴定
第九章 丛枝