本书是“畜禽粪污微生物治理及其资源化利用丛书”的一个分册，全书共六章，主要介绍了整合微生物菌组剂的提出、研发与应用，菌剂发酵床特征微生物空间分布，整合微生物组菌剂微生物组多样性，整合微生物组菌剂的作用机理，整合微生物组菌剂功能群与同工菌和整合微生物组菌剂的应用。
本书具有较强的技术应用性和针对性，可供从事畜禽养殖、环境保护、生物农药、生物肥料、微生物菌剂和微生物研究科研人员、技术人员和管理人员参考，也可供高等学校环境科学与工程、生物工程、农业工程及相关专业师生参阅。

第一章 整合微生物菌组剂的提出、研发与应用
第一节 连作障碍与根际微生物组
一、连作障碍引起作物产量下降
二、作物根际微生物组变化
三、作物根际微生物组的重建
四、整合微生物组菌剂概念的提出
五、整合微生物组菌剂的研究
第二节 整合微生物组菌剂的研究方法
一、整合微生物组菌剂的生产过程
二、整合微生物组菌剂营养成分分析
三、整合微生物组菌剂芽胞杆菌活菌总含量的测定
四、基于宏基因组的整合菌剂产品细菌微生物组的测定
五、整合微生物组菌剂对种子发芽影响的测定
六、整合微生物组菌剂对番茄穴盘育苗壮苗作用的研究方法
七、整合微生物组菌剂对番茄穴盘育苗青枯病防控的研究方法
第三节 整合微生物组菌剂产品特性
一、整合微生物组菌剂生产工艺简述
二、整合微生物组菌剂营养成分分析
三、整合微生物组菌剂芽胞杆菌总活菌数测定
四、基于宏基因组整合菌剂产品细菌微生物组测定
五、整合微生物组菌剂对种子发芽的影响
六、整合微生物组菌剂的壮苗作用
七、整合微生物组菌剂对病害防控的作用
第四节 整合微生物组菌剂特点及生产质量标准化讨论
一、整合微生物组菌剂提出、研发与应用
二、整合微生物组菌剂特点
三、整合微生物组菌剂生产出大量的芽胞杆菌
四、整合微生物组菌剂中猪病原菌的含量
五、整合微生物组菌剂对种子发芽、种苗生长和病害防控的影响
六、整合微生物组菌剂生产工艺和质量标准初步确定
第二章 菌剂发酵床特征微生物空间分布
第一节 菌剂发酵床芽胞杆菌生态位
一、概述
二、研究方法
三、菌剂发酵床空间生态位垫料营养特性分析
四、菌剂发酵床空间生态位细菌宏基因组测序
五、菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌活菌计数
六、基于宏基因组测序菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌数量（read）分布
七、菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌亚群落分化
八、菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌种群空间分布型
九、菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌数量（read）与垫料营养特性的相关性
十、菌剂发酵床芽胞杆菌空间生态位宽度
十一、菌剂发酵床芽胞杆菌空间生态位重叠
十二、讨论与总结
第二节 菌剂发酵床芽胞杆菌数量与空间分布研究
一、概述
二、研究方法
三、菌剂发酵床芽胞杆菌种类和数量分布
四、菌剂发酵床芽胞杆菌空间分布
五、菌剂发酵床芽胞杆菌空间分布型
六、菌剂发酵床芽胞杆菌多样性指数
七、讨论与总结
第三节 菌剂发酵床真菌空间分布
一、概述
二、研究方法
三、菌剂发酵床真菌的分离鉴定
四、菌剂发酵床真菌种群空间分布格局
五、菌剂发酵床真菌种群空间分布频次
六、菌剂发酵床真菌种群空间分布型
七、菌剂发酵床真菌种群多样性指数
八、菌剂发酵床真菌种群生态位特性
九、讨论与总结
第三章 整合微生物组菌剂微生物组多样性
第一节 整合微生物组菌剂微生物含量估计
一、概述
二、整合微生物组菌剂样本芽胞杆菌属活菌计数
三、整合微生物组菌剂细菌含量的估算
四、讨论与总结
第二节 菌剂发酵床与堆肥工艺产品微生物组差异
一、不同工艺细菌属种类差异
二、不同工艺前5个优势细菌属结构差异
三、不同工艺千级含量（read）细菌属组成差异
四、不同工艺芽胞杆菌属种类差异
五、菌剂发酵床与堆肥工艺产品细菌活菌数的估计
六、讨论与总结
第三节 整合微生物组菌剂细菌物种多样性
一、整合微生物组菌剂细菌物种分析
二、整合微生物组菌剂物种组成
三、整合微生物组菌剂细菌样本特性
四、整合微生物组菌剂细菌物种差异分析
五、整合微生物组菌剂多级物种差异分析（LEfSe）
六、整合微生物组菌剂细菌物种系统进化分析
七、讨论与总结
第四章 整合微生物组菌剂的作用机理
第一节 概述
一、土壤微生物组
二、作物连作障碍及其防治
三、微生物组的生产技术
四、微生物组菌剂功能研究
第二节 添加菌剂对肉汤实验可培养细菌群落影响
一、概述
二、研究方法
三、可培养细菌分离
四、可培养细菌鉴定
五、不同菌剂对可培养细菌群落数量变化的影响
六、整合菌剂对可培养细菌群落生态学特性的影响
七、讨论与总结
第三节 添加菌剂对肉汤实验微生物组的影响
一、概述
二、肉汤实验体系微生物组总量的恒定特性
三、添加菌剂对肉汤实验微生物组结构变化的影响
四、添加菌剂对肉汤实验细菌群落分布的影响
五、讨论与总结
第四节 添加菌剂对发酵阶段微生物组的影响
一、肉汤实验发酵阶段的划分
二、发酵阶段细菌群落组成的变化
三、发酵阶段芽胞杆菌种群组成