结构蛋白质组学是在蛋白质组学背景下对蛋白质结构的综合分析，现已成为生命科学和医学中的新兴学科。本书以结构蛋白质组学基本理论、技术为基础，结合医学问题（肿瘤），介绍和论述结构蛋白质组学在疾病发生机制研究和疾病诊治中的应用，重点对肿瘤标志物、基于蛋白质组学的癌变机制以及蛋白质三维结构与肿瘤、代谢相关蛋白质与肿瘤、分子伴侣复合物与肿瘤、生物信息学与肿瘤和基于蛋白质结构的新药理性设计与筛选等领域进行由浅入深、循序渐进的论述，对提高医学和医疗水平具有重要科学意义和指导价值，可供硕士博士研究生学习、基础与临床医学研究人员参考。

绪论
第一节 蛋白质组学和结构生物学的概念与发展史
一、蛋白质组学的概念和发展
二、结构生物学的概念和发展
三、结构蛋白质组学的概念和科学价值
第二节 结构蛋白质组学在医学研究中的应用
一、结构蛋白质组学与疾病发生
二、结构蛋白质组学在新药设计和研发中的应用
第一章 结构蛋白质组学的生物学基础
第一节 从蛋白质到蛋白质组
一、蛋白质功能和分类
二、蛋白质翻译后修饰与功能
第二节 蛋白质的结构
一、蛋白质的一级结构
二、蛋白质的二级结构
三、蛋白质的三级结构
四、蛋白质的四级结构
五、蛋白质的空间结构
六、蛋白质结构和功能的关系
第三节 蛋白质在疾病发生发展中的作用
一、蛋白质翻译后修饰与疾病发生
二、蛋白质突变与疾病发生
三、蛋白质构象变化与疾病发生
第二章 蛋白质组学研究策略和技术
第一节 蛋白质组分析策略
一、蛋白质组学概述
二、“自下而上”蛋白质组学研究
三、“自上而下”蛋白质组学研究
第二节 蛋白质组研究基本过程
一、临床样本的蛋白质提取
二、蛋白质分离
三、蛋白质鉴定
第三节 蛋白质组学研究基本方法
一、定量蛋白质组学
二、靶向蛋白质组学
三、修饰蛋白质组学
四、化学蛋白质组学
第三章 结构生物学研究基础和方法
第一节 蛋白质三维结构与功能
一、蛋白质一级结构决定其三维结构
二、蛋白质三维结构决定其功能
第二节 X射线晶体学
一、X射线晶体学概述
二、X射线晶体学技术的一般步骤
第三节 磁共振方法
一、磁共振方法概述
二、多维磁共振方法的一般步骤
第四节 冷冻电镜三维重构技术
一、冷冻电镜三维重构技术概述
二、冷冻电镜三维重构技术一般步骤
第五节 人工智能预测蛋白质结构
一、A1phaFold 2蛋白质结构预测
二、RoseTTAFo1d蛋白质结构预测
三、人工智能生物大分子结构预测未来的发展趋势
第六节 蛋白质相互作用的研究方法
一、结构生物学技术测定蛋白质相互作用
二、其他常用的检测蛋白质相互作用技术
第四章 肿瘤标志物研究
第一节 肿瘤标志物概述
一、肿瘤标志物的定义和主要特征
二、肿瘤标志物的分类
第二节 肿瘤标志物筛选
一、基因组学在肿瘤标志物发现中的应用
二、转录组学在肿瘤标志物发现中的应用
三、蛋白质组学在肿瘤标志物发现中的应用
四、代谢组学在肿瘤标志物发现中的应用
第三节 肿瘤标志物的临床应用
一、肿瘤的早期诊断、鉴别、分类、分期和定位
二、治疗过程的监测
三、疗效和预后判断
四、肿瘤普查与高危人群筛选
五、多种肿瘤标志物联合应用
第五章 基于蛋白质组学的癌变分子机制
第一节 肿瘤差异蛋白质组学
一、基于差异蛋白质的肿瘤分子机制
二、基于蛋白质组特征表达谱的肿瘤分子分型
第二节 癌变多阶段蛋白质组学
一、肺癌多阶段蛋白质组学
二、结直肠癌多阶段蛋白质组学
第三节 肿瘤微环境蛋白质组学
一、肿瘤间质蛋白质组学
二、肿瘤免疫细胞蛋白质组学
三、肿瘤血管新生蛋白质组学
四、肿瘤外泌体蛋白质组学
第六章 蛋白质三维结构与肿瘤发生
第一节 突变体蛋白与肿瘤发生
一、概述
二、癌基因活化与肿瘤发生的结构基础
三、抑癌基因失活与肿瘤发生的结构基础
第二节 蛋白质构象改变与疾病
一、蛋白质构象与构象病
二、触发蛋白质构象变化的相关机制
三、常见构象病
四、p53蛋白异常与肿瘤发生
第七章 代谢相关蛋白质与肿瘤发生
第一节 肿瘤细胞的代谢特点
一、营养获取途径的投机性
二、葡萄糖和氨基酸摄取失控
三、糖酵解和三羧酸循环代谢失控
四、氮源需求增加与氨基酸代谢异常
五、代谢物驱动的基因调控异常
六、肿瘤代谢和微环境相互作用
七、其他营养物的代谢特点
第二节 肿瘤代谢的异常调控
一、代谢酶基因突变
二、PI3K／AKT／mTOR与代谢调控
三、HIF-1与代谢调控
四、MYC与代谢调控
五、P53与代谢调控
六、RAS、SRC与代谢调控
第三节 肿瘤演进中的代谢重编程
一、癌前病变中的代谢
二、浸润癌中的代谢
三、转移癌中的代谢
第四节 肿瘤代谢的临床应用
一、靶向突变的代谢酶基因
二、靶向共扩增或共缺失的代谢基因
三、靶向代谢通路
四、在肿瘤代谢异质性中寻找治疗靶点
第八章 分子伴侣与肿瘤
第一节 分子伴侣的种类和生物学特性
一、核质蛋白家族
二、热休克蛋白家族
三、伴侣素家族
四、DNA分子伴侣
第二节 肿瘤中的分子伴侣
一、分子伴侣在肿瘤中的异常表达
二、分子伴侣