在神秘的蛙溪树林里，哥哥杰克和妹妹安妮发现了一个装满书的神奇树屋。每打开一本书，就会开启一次奇幻之旅。
“进阶版”是“基础版”的升级和延续，故事更长，主题更厚重，涉及人文、历史、神话、动物保护、寻找快乐、追寻梦想等，更适合有阅读基础的孩子。
《神奇树屋·进阶版9·晨曦中的云龙》
在“进阶版”第3辑中，杰克和安妮得到消息，魔法师梅林失去了快乐，病倒在床。这次兄妹俩要找到四个快乐的秘诀来拯救梅林，他们搭乘神奇树屋出发，来到江户时代的日本。没想到，凶狠的武士到处抓捕身份不明的人，他们不知该去哪儿。这时，他们遇见了诗人芭蕉。一路上，芭蕉带着他们吃寿司、看相扑，体验日本文化之美。但祸从天降，江户发生大火，他们能帮忙把火扑灭吗？又能否找到第一个快乐的秘诀呢？
《神奇树屋·进阶版10·达芬奇的狂想》
在“进阶版”第3辑中，杰克和安妮得到消息，魔法师梅林失去了快乐，病倒在床。这次兄妹俩要找到四个快乐的秘诀来拯救梅林，他们搭乘神奇树屋出发。
这次，他们前往文艺复兴时期的意大利，要找的是艺术家、发明家——列奥纳多·达芬奇。兄妹俩和达芬奇度过了整整一天，他们能从达芬奇身上得到什么快乐的秘诀呢？
《神奇树屋·进阶版11·深海怪物来袭》
在“进阶版”第3辑中，杰克和安妮得到消息，魔法师梅林失去了快乐，病倒在床。这次兄妹俩要找到四个快乐的秘诀来拯救梅林，他们搭乘神奇树屋出发。
这次，兄妹俩来到一座浓雾弥漫的荒岛上，遇到英国科学家亨利，跟着他登上了英国海军的船舰——HMS挑战者号。让人吃惊的是，船上的人并不是寻宝，而是在寻找人类尚未发现的海洋生物。他们在海上遇到了什么？又能找到第三个快乐的秘诀吗？
《神奇树屋·进阶版12·南极洲大冒险》
在“进阶版”第3辑中，杰克和安妮得到消息，魔法师梅林失去了快乐，病倒在床。这次兄妹俩要找到四个快乐的秘诀来拯救梅林，他们搭乘神奇树屋出发。
最后一次旅行，神奇树屋把他们带到了现代的南极洲。在这里，他们遇见一群科学家和记者，兄妹俩乔装打扮混入了科考团。他们会被发现吗？他们能找到最后一个快乐秘诀吗？梅林能不能恢复健康？这一切都是未知数。
《神奇树屋·进阶版13·月光下的魔笛》
在“进阶版”第4辑中，杰克和安妮又有新任务了！这次，梅林希望他们帮助四个有创造力的艺术家，把他们的天赋分享给全世界，为其他人带来快乐。
兄妹俩的第一站是1762年奥地利维也纳的夏宫。他们受邀参加王宫举办的宴会，必须在严守规矩的同时，完成任务。可是，半路冒出来的小男孩打乱了他们的计划，整个动物园的动物都被放了出来，现在，只有杰克和安妮的魔法可以帮助他……
《神奇树屋·进阶版14·音乐家奇妙夜》
在“进阶版”第4辑中，杰克和安妮又有新任务了！这次，梅林希望他们帮助四个有创造力的艺术家，把他们的天赋分享给全世界，为其他人带来快乐。
兄妹俩来到的第二站是1915年美国路易斯安纳州的纽奥良市，他们必须找到“爵士乐之王”路易斯?阿姆斯特朗，让他走上艺术家的道路！可惜，此时的“爵士乐之王”还只是一个贫穷的少年。杰克和安妮该如何让他把自己的音乐天赋分享给全世界呢？
《神奇树屋·进阶版15·仙境的小精灵》
在“进阶版”第4辑中，杰克和安妮又有新任务了！这次，梅林希望他们帮助四个有创造力的艺术家，把他们的天赋分享给全世界，为其他人带来快乐。
兄妹俩来到的第三站是19世纪的爱尔兰，他们的任务是找到一个叫奥都斯塔的女孩，鼓舞她，让她把天赋分享给全世界。但是，奥古斯塔，一点都不像是有艺术天赋的，这可怎么办？
《神奇树屋·进阶版16·狄更斯的颂歌》
在“进阶版”第4辑中，杰克和安妮又有新任务了！这次，梅林希望他们帮助四个有创造力的艺术家，把他们的天赋分享给全世界，为其他人带来快乐。
兄妹俩来到的第四站是维多利亚时代的英国伦敦。他们这次要帮助的是英国作家狄更斯！然而，他们发现狄更斯已经很受人尊敬与爱戴，他们还能做些什么呢？后来他们了解到狄更斯悲伤的过去。为了避免这位伟大的作家断送自己的写作生涯，他们必须使用魔法了！