《本草纲目药物古今图鉴》是“本草纲目研究集成”从书的子书之一。《本草纲目药物古今图鉴二草部（全2册）》以《本草纲目》中的药物（古代有药图者）为单元，图文结合，以鉴定诸药来源为丰旨。《本草纲目药物古今图鉴二草部（全2册）》52章。“总论”4章，介绍古代本草药图发展史及相关书籍的概况与特色。“各论”48章，论药1459种，汇集古代药图近20000幅。药物分类及各章药物排列与《本草纲同》48卷各论相对应。每药下分4项：【品图】大致按时代先后出示相关药网，再经比较品评，遴选原创药图供鉴药之用。【文录】摘取卉本草中论述药物米源的主要条文。【鉴药】运用古本草资料与原创药图，结合现代研究成果，鉴定药物基原。【小结】出示鉴药结论，附以现代药物彩照辅助认药。《本草纲目药物古今图鉴二草部（全2册）》有现代药物彩照1200余幅。《本草纲目药物古今图鉴二草部（全2册）》有益于了解古代药物来源及主要运用历史，也有助于阅读使用《本草纲同》。

本草纲目药物古今图鉴
一总论与水火土金石部
总论
章药图起源与早期手绘药图
第二章宋元版刻与手绘本草图
第三章明代本草图
第四章清代本草图
各论
第五章水部
第六章火部
第七章土部
第八章金石部
第九章石部
第十章石部
第十一章石部
二草部上
第十二章草部
第十三章草部
第十四章草部
第十五章草部
草部下
第十六章草部
第十七章草部
第十八章草部
第十九章草部
第二十章草部
第二十一章草部
三谷菜果木服器部上
第二十二章谷部
第二十三章谷部
第二十四章谷部
第二十五章谷部
第二十六章菜部
第二十七章菜部
第二十八章菜部
第二十九章果部
第三十章果部
谷菜果木服器部下
第三十一章果部
第三十二章果部
第三十三章果部
第三十四章木部
第三十五章木部
第三十六章木部
第二十七章木部
第三十八章服器部
四虫鳞介禽兽人部
第三十九章虫部
第四十章虫部
第四十一章虫部
第四十二章虫部
第四十三章鳞部
第四十四章鳞部
第四十五章介部
第四十六章介部
第四十七章禽部主要引用书目
第四十八章禽部药物正名索引
第四十九章禽部拉丁学名索引
第五十章兽部
第五十一章兽部
第五十二章人部
主要引用书目
药物正名索引
拉丁学名索引