苹果炭疽菌叶枯病是我国苹果产区新出现的一种危害严重的流行性病害。 本书评价了苹果对炭疽菌叶枯病的抗性遗传规律，筛选出与苹果炭疽菌叶枯病抗性基因位点（Rgls）紧密连锁的分子标记，完成了对Rgls基因位点的精细定位。

第一章 文献综述
第一节 苹果炭疽菌叶枯病的发生与为害
一、苹果炭疽菌叶枯病的为害症状
二、苹果炭疽菌叶枯病的病原
三、苹果炭疽菌叶枯病的侵染规律
第二节 植物与病原微生物互作的机制
一、植物对病原微生物侵染的基础抗性(PTI)
二、病原微生物对PTI的抑制
三、植物对病原微生物的基因对基因抗性(ETI)
四、抗病分子机理研究对作物抗病育种的影响
第三节 抗病基因的分子鉴定方法
一、近等基因系法
二、分离群体分组分析法
第四节 分子标记技术研究进展
一、分子标记概述
二、分子标记的种类
三、分子标记在苹果上的应用
第五节 研究目的与意义
第二章 苹果对炭疽菌叶枯病抗性遗传的研究
第一节 材料与方法
一、植物材料
二、供试病菌
三、试验方法
第二节 结果与分析
一、不同苹果品种(系)对炭疽菌叶枯病的抗性表现
二、苹果F，植株对炭疽菌叶枯病抗性表现及抗性遗传规律分析
三、苹果杂交亲本及后代对炭疽菌叶枯病抗性的基因型推测
第三节 讨论与小结
第三章 苹果抗炭疽菌叶枯病基因的SSR标记筛选及遗传定位
第一节 材料与方法
一、植物材料
二、DNA的提取及检测
三、抗感DNA池的构建
四、SSR分子标记的筛选与开发
第二节 结果与分析
一、基因组DNA的检测
二、抗性基因的分子标记筛选
三、遗传距离计算和抗性基因位点连锁图谱构建
四、SSR标记的测序分析
第三节 讨论与小结
第四章 基于WGR技术开发与苹果抗炭疽菌叶枯病基因相关联的SNP、Indel标记及抗病候选基因的鉴定
第一节 材料和方法
一、植物材料
二、DNA、RNA的提取，cDNA的合成及抗感池的构建
三、文库构建及库检
四、上机测序
五、生物信息分析流程
六、原始数据的获得与处理
七、与参考序列的比对
八、SNP和InDel的检测及注释
九、SNP数据统计
十、子代SNP频率差异分析
十一、目标性状区域定位
十二、基因表达定量分析
第二节 结果与分析
一、测序数据质量
二、Reads与参考基因组比对情况统计
三、SNP频率和转换/颠换率计算
四、SNP及InDel检测及注释
五、子代SNP频率差异分布
六、目标性状区域定位
七、候选基因的功能预测
第三节 讨论与小结
第五章 基因Rgt,位点的精细定位及分子标记可靠性验证
第一节 材料与方法
一、植物材料
二、抗感DNA池的构建
三、SNP引物的设计
四、高分辨率熔解曲线分析
五、SNP、InDel标记的筛选验证
六、基因R幽位点的精细定位
七、基因尺础位点区域j内的基因分析
八、分子标记准确性鉴定
第二节 结果与分析
一、SNP及InDel标记的筛选
二、SNP及InDel标记的验证
三、基因R小位点的精细定位
四、基因R础位点区域内的基因分析
五、标记在品种(系)中的鉴定
第三节 讨论与小结
第六章 主要结论与创新点
第一节 主要结论
一、苹果抗炭疽菌叶枯病性状受隐性单基因控制
二、苹果抗炭疽菌叶枯病基因位点被定位于苹果第15条染色体上，与11个SSR标记连锁
三、利用全基因组重测序技术将Rgls基因位点快速定位在第15条染色体上，并筛选出5个响应炭疽菌叶枯病病原菌诱导的候选基因
四、利用SNP及InDel标记将Rgls基因位点精细定位在58 kb的区域内
五、4个与抗性基因位点紧密连锁的分子标记可用于MAS
第二节 创新点
参考文献
附录
附录一 DNA的提取方法
附录二 琼脂糖凝胶电泳的检测方法
附录三 非变性聚丙烯酰胺凝胶的制备及银染方法
附录四 SSR标记序列分析方法
附录五 5个候选基因编码的氨基酸序列