《钱学森系统科学思想研究》编者苗东升在书名中加上“思想”二字,意在表明本书并不打算写成系统科学的专著或教科书,而是侧重考察、评析钱学森在系统科学方面的科学思想,探究他做学问的立场、观点和方法,剖析他在系统科学领域耕耘几十年的心路历程,即陆机所谓“得其用心”(《文赋》)。同时也表明作者对一些已经成为历史的相关事件的看法,希望对后来人了解中国系统科学的过去有所助益,更希望能够对中国系统科学进一步发展有所助益。就全书内容的逻辑看,全书可分为三篇,第1~5章为总论,第6~10章为分论,第11~15章为余论。