《瘟疫论》由明代著名中医温病学家吴有性编撰于明崇祯十五年（1642），2卷。吴有性生活于明代晚期，那时其家乡一带连年发生疫病流行，一巷百余家，无一家幸免，可见疫病危害之严重。吴有性此书的问世，在当时乃至对后世都产生了极大的影响，他的“戾气”病因等学说思想的提出，开创了中医温疫认识的新时代，最终在清代形成了一个中医学术流派——温病学派。《温疫论》大致是吴有性随笔记录而成，体现了吴有性对温疫的新认识，从病因病机、感邪途径、传变规律、辨证体系、治法方药，到诊断治疗中必须注意的问题等等，均详加论述。对当今温病理论的发展及温病的临床治疗都有很强的指导作用，是中医温病学发展史上具有划时代意义的标志性著作，是中医学理论原创思维与临证实用新法的杰出体现。

《瘟疫论》为温病学名著，明末吴有性(又可)著，成书于1642年。

全书2卷。上卷50篇，阐述温疫病之病因病机，初起症状、传变诸证及其治疗，攻下诸证及下法运用，用药禁忌及预后转归，辨伤寒时疫、发斑战汗等；下卷36篇，论述温疫病之病因、种类、流行、传变、治则、治法，阐述疫病传变、变证、兼证及女人、妊娠、小儿时疫的治疗和调理，辨析伤寒例及诸家温疫之正误。

本书首创杂气学说，认为温疫之为病，不是六淫外感，而是天地间特有的致病杂气(又称异气、戾气、疬气)经由口鼻而人所致，具有强烈的传染性，与伤寒绝然不同；在温疫治疗上，创建达原祛邪理论，提出疏利透达分消之法，强调攻下逐邪为第一要法，创制达原饮、三消饮等名方。该书既是我国首部温病学专著，也是温疫学说的奠基之作，具有极高的学术研究和临床应用价值，是中医学习、研究和临床必读之书。

上卷

 原病

 温疫初起

 传变不常

 急证急攻

 表里分传

 热邪散漫

 内壅不汗

 下后脉浮

 下后脉复沉

 邪气复聚

 下后身反热

 下后脉反数

 因证数攻

 病愈结存

 下格

 注意逐邪勿拘结粪

 蓄血

 黄疸是腑病非经病

 邪在胸膈

 辨明伤寒时疫

 发斑战汗合论

 战汗

 自汗

 盗汗

 狂汗

 发斑

 数下亡阴

 解后宜养阴忌投参术

 用参宜忌有前利后害之不同

 下后间服缓剂

 下后反痞

 下后反呕

 夺液无汗

 补泻兼施

 药烦

 停药

 虚烦似狂

 神虚谵语

 夺气不语

 老少异治论

 妄投破气药论

 妄投补剂论

 妄投寒凉药论

 大便

 小便

 前后虚实

 脉厥

 脉证不应

 体厥

 乘除

下卷

 杂气论

 论气盛衰

 论气所伤不同

 蛔厥

 呃逆

 似表非表，似里非里

 论食

 论饮

 损复

 标本

 行邪伏邪之别

 应下诸证

 应补诸证

 论阴证世间罕有

 论阳证似阴

 舍病治药

 舍病治弊

 论轻疫误治每成痼疾

 肢体浮肿

 服寒剂反热

 知一

 四损不可正治

 劳复、食复、自复

 感冒兼疫

 疟疾兼疫

 温疟

 疫痢兼证

 妇人时疫

 妊娠时疫

 小儿时疫

 主客交

 调理法

 统论疫有九传治法

 正名

 《伤寒例》正误

 诸家温疫正误