因皇权和教权的双重衰落，德意志和罗马的关联也大为松弛。但德意志教会势力仍旧非常强大，罗马教廷仍然能聚敛钱财、干预世俗统治，在德意志引起强烈不满。1517年马丁·路德贴出《九十五条论纲》，揭开了宗教改革的序幕。直接原因是赎罪券发售，在其他国家均遭到不同程度的抵制，在德意志却能购销两旺。
莱茵河沿岸集中了德意志当时主要的工商业城市，但中下游地区教会势力强大，宗教改革运动难于发展。在马丁·路德之后，莱茵上游地区成为宗教改革运动的中心之一。在瑞士北部、巴登和阿尔萨斯的主要城镇中，宗教改革运动轰轰烈烈。特别是后期主将加尔文，在日内瓦领导宗教改革取得胜利，创立了加尔文宗，和路德宗分庭抗礼。
受宗教改革的影响，1525年爆发德意志农民战争，在莱茵上游地区首先高举义旗，继而席卷全国，最终遭到残酷镇压。宗教改革和农民战争，二者尽管未能走向联合，却共同摧毁了中世纪社会。
新教和天主教之间裂痕因政治力量的介入而扩大，激烈的斗争伴随局部的宗教战争，最终形成新教北方和天主教南方两大阵营。彼此难于和平相处，引发了三十年战争。欧洲多国参战，德意志是主要战场，许多地区受到了惊人的破坏。在经济上极度凋敝，政治上极度分崩离析，几百年间无法和欧洲强邻相对抗，“甚至无力清理旧制度的尸体”。
1648年《威斯特伐利亚和约》签订，三十年战争结束，神圣罗马帝国名存实亡。北部和西部的许多领土丧失，基本形成了现代疆界。在莱茵河沿线，上游的瑞士正式脱离帝国，下游的荷兰正式脱离西班牙，法国获得了阿尔萨斯的大部，并确认了对洛林的所有权。
德意志摆脱了帝国的重负，也丧失了原有的帝国保护。东部是普鲁士和奥地利两个强邦，类似于半独立的国家，领地都已扩展到帝国疆域之外，它们最多只能算半个德意志诸侯。在南部、西部、北部，德意志被多个民族国家包围，有的还较为强大。环顾四周，难于找到善邻。德意志在外力的挤压下，不得不艰苦地寻求建立自己的民族国家。
德意志和罗马教会的千年恩怨已基本了断，又遇到了新的对手法兰西。莱茵河成为德法两国争斗的前沿地带，关于高卢人和日耳曼人的古老神话，赋予了新的涵义，也在莱茵河两岸激烈展开。法国人声称：“莱茵河、阿尔卑斯山和比利牛斯山是法国古老的自然边界”。罗马时代的莱茵河边界是这种说法的主要根据。
法国已形成强大的民族国家，太阳王路易十四时代达到鼎盛。而德意志在许多重要方面已非常落后，在莱茵河右岸，谈不上有一个德意志国家、德意志精神和真正的国家行动。这种鲜明的对比，使得法国的影响无处不在。法国的时尚、习俗、文化、艺术、乃至思想，均被全盘引进。在莱茵河沿线，封建领主们邯郸学步，而有识之士在吸收与排斥中开启了德意志的近代化进程。
启蒙运动是继文艺复兴运动以来的第二次思想解放运动，起源于英国，盛行于法国，再波及到欧洲其他国家。德意志由于特殊的历史条件，将理性思想与民族情感融合起来，催生了德意志文化民族主义，最终完成了民族意识的提升和民族的文化认同。经历了早期启蒙运动、狂飙突进运动、德意志浪漫主义运动，以歌德、康德等人为代表，德意志文化在全世界取得了独立地位。文化上的德意志已经形成，政治上的德意志还遥遥无期。
在德意志民族的文化认同方面，莱茵河起到了重要作用，尤其被浪漫主义艺术家所赞美。莱茵河被称为父亲河；凯尔特人的莱茵河神被称为莱茵老爹；《尼伯龙根之歌》被称为日耳曼民族史诗；中世纪城堡废墟代表往昔的荣光和骑士传奇。民间诗歌、神话传说被搜集整理，特别是创造了日耳曼尼娅女神，经典形象是手持宝剑，逡巡于莱茵河畔。
1789年法国大革命爆发，欧洲最强大的封建专制政权被摧毁，整个德意志都为之欢欣鼓舞。尤其在莱茵地区，得到了知识界的热烈响应，1793年3月甚至成立了美因兹共和国。为消除法国大革命造成的威胁，普鲁士、奥地利和英国等几次组成反法同盟，对法国进行武装干涉，却遭到失败。1801年莱茵河左岸地区正式割让给法国。
拿破仑并未放弃莱茵河右岸，在拿破仑的直接操纵下，德意志领土得到了一次成功的整合。以小邦并入大邦的方式，一百多个邦国被取消，邦国数量减少到三十多个；推行还俗化运动，多数教会诸侯领地移交给地方邦国；全部骑士领地和多数帝国自由市取消。
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莱茵河集中了河流的万般品貌于一身。它像罗纳河一样激流翻涌，像卢瓦尔河一样宽阔雄浑，像缪斯河一样峭壁夹岸，像塞纳河一样蜿蜒九曲，像索姆河一样碧水滢滢，像台伯河一样充满历史，像多瑙河一样庄严高贵，像尼罗河一样神秘莫测，像美洲河流一样波光和金沙闪闪辉映，像亚洲河流一样蕴涵着神灵和传奇。
——雨果《莱茵河》
关于《莱菌河》
十多年前，我姐姐王启燕(Dr.QiyanWang-Mu ller)在弗莱堡大学读博士。弗莱堡(Freiburg)以西十多公里就是莱茵河，河对岸就是阿尔萨斯，莱茵河在这里是界河。我对莱茵河所知甚少，只知道被德国人称为父亲河，对阿尔萨斯的了解也仅限于《最后一课》。
在中国只有“母亲河”之说，何来“父亲河”？后来才知道，德语中的河流名称分为阴性和阳性，Rhein是阳性，只能是“父亲河”了。而《最后一课》中表达的“亡国之恨”，不过是歪曲事实。
2002年，我办了探亲签证，到弗莱堡住了三个月。我姐姐已经结婚几年，姐夫阿明(Armin Muller)，生了小女孩爱丽(Elisa)。按德国的习惯，对他们可以直呼其名，不过我特意给他们都起了“中文名字”。在我的强烈要求下，他们带我去了莱茵河，运河化的河道很让我失望，尽管仍可称之为宽阔、壮观。我觉得莱茵河不该是这种样子，可该是什么样子我也说不出。如果美女西施换上现代衣装，不过一名邻家女孩而已。
当然我们也去了阿尔萨斯，两边的人可以自由来往。我印象最深的是斯特拉斯堡大教堂，应当有两个钟楼，但只完成了一个，如同巨大的独角兽。我对阿明说，“你知道这座大教堂在中国会是什么样吗？某位市长大人肯定让人在这边也造一个不伦不类的钟楼。”
2006年他们夫妇从事旅游方面的工作，特别是和北京电视台合作，参与拍摄了6集电视片《德国西南行》，在“德国世界杯”期间热播。阿明担任文化顾问，虽然足够出色，但“翻译官”差强人意，毕竟不是会几种语言就能当“翻译官”，尤其是完成这种工作。中文资料匮乏而错误百出，“翻译官”连临阵磨枪都不太可能。
阿明建议我们写作一部《莱茵河》。莱茵河流经欧洲腹地，涉及欧洲的方方面面，而且强大的辐射力不仅限于欧洲。无论从旅游，还是从历史、文化方面，都有足够的吸引力。尤其是对多数中国人来说，莱茵河仍然是陌生而神秘的，关于莱茵河的较为详尽的中文著作并不多见。
写法上以地理位置为顺序，从河源写到入海口。这是19世纪的常用方法，因为当时人们主要靠乘船旅行。这种方法可能并不过时，莱茵河是一个整体，沿岸的国家多多少少都是莱茵河的国家。一座座城市、一处处景观，虽然很难保证每一部分都写得精彩、准确，但可以给人以相对连贯而完整的印象，不是把各地的导游手册简单拼装在一起。
我再次办了探亲签证，我和阿明一家驾车游览了莱茵河全程。为节约开支，尽量住最便宜的旅馆，多数时候只吃面包和香肠。但我的心情格外激动，如同刘姥姥进了珍宝馆，比进大观园还要震撼。 阿明身兼数职，司机、总管、导游、摄影师，如果没有阿明，我们根本不可能在两三个月的时间内参观如此多的景点，搜集如此多的资料，也无法拍摄如此多的精彩照片。即便如此，我觉得两三个月的时间还是太短，以至于遗漏太多。实际上忘了这句古话：凡大盗行窃，首先要掂量自己能拿得动多少。
真的写起来，困难程度还是超出了想象。对欧洲的历史文化方面的知识准备不足，根本写不下去，不得不大剂量的“恶补”，再加上消化不良，以至于工期一拖再拖。阿明使用翻译软件帮助审稿，但时常不知所云。国人认为突破语言障碍就可以和世界接轨了，实为天大的误解。让他们去住地球村，我还是住在我们村里吧。
转眼数年过去，总算完工了，小爱丽已长成大美女，我也是“大叔级”的人物了。读者是否买账，我不做奢望。在德国时参观一段罗马大路，本属荒僻景点，眼见四下无人，竟然欢快地狂奔起来，老夫聊发少年狂，仿佛重回罗马时代。不想却引起了一只狗的注意，对我狂吠！我这时才看到一对老夫妇，坐在远处的长椅上打瞌睡，正是他们的爱犬在提抗议。古人云：“栏杆拍遍、无人会、登临意”，其尴尬程度也不过如此。
全书篇幅也大大超过了预想，只得分为上中下三册先后出版：上册从河源至卡尔斯鲁厄；中册再至科布伦茨；下册再至入海口。也许只有个别读者能够通读全文，不过不必望而生畏。城市和景点均以地理顺序独立编排，彼此直接关联不大，出于旅游目的读者可查阅某一部分而不必顾及其他。一般读者可以从任何位置读起，在任何位置结束，基本不影响阅读效果。最后要说明的是，仅凭我一人之力，或者我全家之力，再加上出版社编辑们鼎力相助，要完成这样一部作品，“力不从心”也绝非过谦之词，恳请见谅！
《莱茵河》分为上中下三册先后出版，凭借作者王启东全家之力、历时数年精心打造。书中涵盖了自河源到入海口的主要城市和著名景观，对沿线的风土人情、重要人物、历史文化、神话传说等也有相当精彩的描述，集实用性、知识性、文化性和思想性于一体，使读者对莱茵河能有一个深度的了解。但读者范围也不仅仅限于游客，本书的主要目的在于展示欧洲文化。
本书为上部内容。
《莱茵河》的作者王启东亲自游历了莱茵河流域，并以极大的热情阅读和整理了有关莱茵河的历史、人文、地理和故事，以自我体验和大量阅读相结合的方式，呈现了一个中国人熟悉却不了解的莱茵河及河畔的欧洲。《莱茵河(上部)》为上部，内容为从河源至卡尔斯鲁厄。
