本书以药物作用的靶标和分子作用机制为基础，结合靶标的结构和功能描述药物作用的分子机制、选择性、构效关系、结构与物化性质的关系和结构与毒性的关系。教材注意叙述近年发现的新作用靶标和新作用机制的相关内容，尤其是分子水平的作用机制，并且用分子模拟手段描述药物分子与靶标分子相互作用的分子模拟过程。
本书在系统介绍药物化学基本知识、基本理论和基本技术的基础上，充分体现药物化学具生物学与化学相融合的学科特点，将新药研究的策略、设计思路、基本原理、方法和技术等渗透到各个章节相关的内容中，并结合药物化学学科的新发展对已有知识进行更新。通过介绍一些新药发现过程，讨论先导物的发现及结构优化并发展成为新药的过程。
本书主要用于高等院校本科药学专业学生及本、硕连读长学制学生“药物化学”课程教学，定位于培养高素质创新药物研究人才。本书还适用于药房及其他药学工作者参考。