《复旦大学百年志(1905-2005上下)》以马克思主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”，重要思想为指导，坚持实事求是的原则，系统记述复旦大学的历史。

本志由照片、前言、凡例、目录、正文和后记组成，分为上、下卷。正文共设十八编，包括：学校沿革、学科建设、研究生教育、人文社会科学研究、财务管理、学校科技产业、教育服务部门、对外教流与合作等。

上卷

照片

前言

凡例

第一编 学校沿革

第一章 创立经过

 附 文献辑录

 第二章 公学时期

 附 文献辑录

第三章 私立大学时期

 第一节 民主治校和“学术独立，思想自由”

 第二节 反帝爱国斗争和中国共产党人的活动

 第三节 抗战爆发后的渝沪两地办学

 附 文献辑录

第四章 国立大学时期

 第一节 从国立到抗战胜利后的复员

 第二节 各系科的发展和教学特点

 第三节 爱国民主运动和中共党组织的活动

 附 文献辑录

第五章 解放初期

 第一节 接管后的教学

 第二节 院系大调整

 第三节 向科学进军

 第四节 倡导全面发展，提高教学质量

 第五节 经过“左”的曲折，开始调整

 附 文献辑录

第六章 六七十年代

 第一节 贯彻“高教六十条”，探索教育规律

 第二节 “文化大革命”的严重破坏

 第三节 逆境中的教学与科研

 第四节 拨乱反正，工作重点转移

 附 文献辑录

第七章 八十年代

 第一节 改善领导，改革管理

 第二节 深化教学改革，重视学生能力培养

 第三节 强化科学研究，追踪世界先进水平

 第四节 改进思想政治工作，维护学校稳定

 附 文献辑录

第八章 九十年代

 第一节 制定改革与发展纲要

 第二节 人才梯队建设

 第三节 教育工作的新成果

 第四节 后勤社会化改革

 第五节 面向全国，服务上海，发展复旦

 附 文献辑录

第九章 进入新世纪

 第一节 明确目标，抓住机遇，向世界一流大学迈进

 第二节 加强学科建设，确立新的学科布局

 第三节 以科研为主导，提高核心竞争力

 第四节 推进素质教育，培养创新人才

 第五节 深化改革，实施人才强校战略

 第六节 以创新的精神改进学生思想政治工作

 第七节 加强规划和整合，促进附属医院发展

 第八节 推进国际化建设，实现跨越式发展

 第九节 把握发展机遇，推动校园建设

 第十节 筹备百年校庆，弘扬复旦精神

 附 文献辑录

第二编 领导体制与组织机构

第一章 领导体制

 第一节 隶属关系

 第二节 领导体制

 第二章 中国共产党组织

 第一节 党代会与党委会

 第二节 纪律检查委员会

 第三节 党委部门

 第四节 分党委、党总支、直属支部

第三章 行政组织

 第一节 校董会

 第二节 校长

 第三节 秘书长、教务长、总务长

 第四节 院、系、所和中心

第四章 校级委员会

 第一节 校务委员会

 第二节 学术委员会

 第三节 学位委员会

 第四节 其他专门委员会（组）

第五章 行政职能部门

 第一节 校长办公室

 第二节 学科建设办公室

 第三节 百年校庆筹备工作办公室

 第四节 重大项目建设办公室

 第五节 人事处

 第六节 研究生院

 第七节 教务处

 第八节 科学技术处

 第九节 文科科研处

 第十节 医院管理处

 第十一节 外事处暨港澳台事务办公室

 第十二节 对外联络与发展处

 第十三节 校园信息化办公室

 第十四节 退休教职工管理委员会

 第十五节 财务处

 第十六节 产业化与校产管理办公室

 第十七节 资产管理处

 第十八节 后勤办公室

 第十九节 总务处

 第二十节 基本建设处

 第二十一节 枫林校区管理委员会及办公室

 第二十二节 张江校区建设办公室与管理委员会

 第二十三节 江湾校区建设办公室

 第二十四节 研究室

 第二十五节 留学生办公室

第三编 院系

第四编 学科建设

第五编 本科生教育

第六编 研究生教育

第七编 德育、体育与校园文化

第八编 人文社会科学研究

第九编 理科、医科科学研究

下卷

第十编 人物

第十一编 人事管理

第十二编 财务管理

第十三编 学校科技产业

第十四编 教育服务部门

第十五编 临床医疗与附属医院

第十六编 民主党派与群众团体

第十七编 对外教流与合作

第十八编 校园规划与建设

后记