不远的未来，因为常年的污染，地球处于被毁灭的边缘。人类为了度过难关，将地球污染物全部转移到了一颗编号B-25的小行星上。然而一位先知科学家却预言，不远的未来一种电脑生物会对人类的此类不良行为进行制裁。
煞星不断派遣异种怪兽来到地球，他们的目的是找到传说中的能量水晶，并依靠水晶的力量将B25小行星上的所有变异怪兽移植到晶码战士，将地球变为一个煞星军团的基地，地球上原本的一切生物都将被异变或摧毁。
超生物兴趣研究小组的四位成员：龙炎、美柯、亚齐和吉修，在一个古老山洞里的密室里他们得到了四部晶码机，并无意间召唤出了四只晶码兽。他们得知魔兽已经开始攻击地球，并且在寻找四块有巨大能量的水晶。而龙炎四人则是被选召的负责拯救地球的，他们必须抢在魔兽之前找到那四块水晶，与他们手中的晶码机完成“人体炼成”，才能拯救地球。龙炎四人从此开始了他们的征途。