《傅青主男科》具有很大影响，是我国第一部以男科命名的专著，全书涉及男科遗精、滑精、淋、浊、阳强、阳痿、肾子痛、偏坠等8个病种，12首方剂。尤其是他在书中对痰证做了精辟的论述，首先提出要察明病程的久暂，以确定痰证发生的病源。对初病之痰及已病之痰均有治则应对；其次根据痰色的白与黄而予论治。
重视疾病的病程阶段变化，重视对初病的治疗，是《傅青主男科》辨证论治的主要精神之一。凡能见微知著，进而防微杜渐，预安未受邪之地者，才称得上是医中之上工。
《傅青主女科》，继承了清朝以前历代医学家关于妇产科学的学说，并结合自己的临床经验，提出了很多有独特风格的学术见解。他把所有妇产科疾病，分列在调经、种子、崩漏、带下、妊娠、小产、临产、产后及生化编等九门项下，内容涉及整个妇产科领域。本书的很多见解，至今仍对现代临证用药有极大的指导意义和参考价值。