《于漪新世纪教育论丛》着眼于于漪老师新世纪以来的理论阐述，并辅之以一定的编者评述。它进一步完成了于漪老师有关资料的收集整理，与2001年山东教育出版社的六卷本《于漪文集》形成一种衔接，同时也为更多的于漪研究者提供丰富翔实的第一手资料。
从内容编排看，本套丛书打破了原先常见的模式，采用主题词的呈现方式分别编成六册，依次为《呐喊》《坚守》《超越》《凝望》《启智》《反思》。每册按照内容分为三或四个单元，每个单元前有于漪老师重要观点的摘要，每个单元后设有“编者手记”，重在编者编辑此单元时的阅读感受。每册还附有编者撰写的综论，重在从该册主题词切入的对于漪老师教育思想和人生理想的理性思考。