诸子的研读，大抵在全上古三代秦汉三国六朝文的范畴，秦汉前后的文章敦实厚重，对于胸襟的扩展壮大，葆有奇效。他选择读书环境，绝见其博大的气象，那时他喜欢携书前往周边的山林里面，在深山乔木间，让山水的气息浸透古贤的文字。竹雨松涛，瓜黄李碧，一水飞光，干峰流翠，对于读书思索的深度大有助益。可以说他在弱冠前后，一心一意，读经法古，同时参以诸子、史传，此时康有为首次向皇帝上书，影响土林巨大，他的眩晕的病症偶有复发，酿成一种长期伴随他的慢性病，虽然读书思考未受波及，但他一生脾气蛮大，不能说没有该病症的影响。然而他此时生发了明显的写书的欲望，又多少可见康有为的影子，当时康有为已公开提出变成法、通下情，凡在京师的大大小小的知识分子，多惊走耳语，以为康氏得了严重的病狂症，然而这对于太炎却无所谓，他的眩晕症，对此具有免疫力。
到了二十三岁的时候，那是光绪十六年（1890）的春正月，他父亲一病不起，很快驾鹤西去。太炎亲以深衣装殓慈父。还在他幼年时，父亲在他读书间隙，就和他谈起过死后的事情。谈到生死，他父亲很从容，但强调，在他身后，装殓前必须着深衣，虽然曾任清朝职官，万不可着清朝章服！又说他们家进入清朝已有八代人，每有亡故，均殓以深衣。这种切割乃是民族传承的心脉所在，其言对太炎的震动极大。在他父亲身后，即遵从遗命，以深衣殓装。深衣即直筒式长衫，衣、裳相连，上下缝合，其特征是被体深邃，为汉人古服，与清人服装大异。
父亲的亡故，太炎悲痛逾恒，父亲对其影响特大，这年他已经二十三岁，但因父亲去世，自称此时成为孤儿，可知父亲在他心中的分量，对于清廷更加痛恶。对于一般知识阶层通常要走的仕进之途，公然弃若敝屣了。
擦干伤心的眼泪，遂前往近处的杭州，找到他后来再传弟子俞平伯的曾祖父俞樾，在俞先生主持的诂经精舍受业。
章太炎拜俞樾为师的时候，后者已是七十来岁的老人。当时俞樾主持西湖孤山的诂经精舍，原是阮元资助建立的。其时章太炎正当弱冠之年，在此开始他的七年的寒窗研读生涯。其间经历甲午海战，备受刺激。他所研读的经籍训诂，无一不打上纷乱时代的投影。
俞先生的学问渊深博大，其学术脉络，传承自顾炎武、戴东原、王念孙这一脉，为有清一代朴学巨子。俞先生绝缘声色，具有独行赴渊的深邃人格魅力，太炎断断续续从学八年，在相对很长的这段时间里，出入相得，以师事敬之。俞先生治学，与前人不同，与时人有异，所谓学无常师，左采右获，年深日久，自成一家。一天俞先生询问他的读经心得，说道：《孝经》有先王有至德要道，先王谁耶？郑注谓先王为禹，何以孝道始禹耶？”《孝经郑注》乃是东汉末年经学大师郑玄（郑康成）的传世之作。俞樾这一问，问得深沉，而太炎也几乎不假思索，答道：“《经》云先王有至德要道以顺天下者，明政治上之孝道异寻常人也。夏后世袭，方有政治上之孝道。故孝道始禹。”对于这样的解经，扯到政治上，俞樾也不加干涉，反而时予称善，或颇以为然。同时期，太炎也尝从同乡前辈谭献问学。谭献，字仲修，号复堂，杭州人。他比章太炎大三十多岁，曾在安徽等地做地方小官，这时正值辞官归隐的乡居岁月。谭献为有清一代大词人，而其文章则导源于秦汉，是故太炎甚觉亲近。太炎后来和汤国梨结婚，媒体或后人捧场多说是他的初婚，又说他四十多岁初婚可谓晚婚的典型，实为不审之言。太炎的自订年谱，说他在l二十五岁这年，纳妾王氏。并未有妻，却称纳妾，实为一大怪事。似乎在冥冥中，为后来的汤国梨留下名正言顺的地位。这时他对于战国诸子文字音训的考订，已积累厚厚的两大册，以札记体行文，从训诂到经义再到史地、历法、典章制度……以方法论而言，乃是乾嘉以来治学的正路。纳妾的次年，大女儿出生了，后来还有两个女儿，这三个女孩的名字都起得古怪，大女儿强、二女儿殁、三女儿翌，分别读作章IT，章zhu6，章zh6n。这里面，渗透着他在诂经精舍课艺作业的投影。这些课艺乃是对经籍文字的诠释，工程量相当庞大。
读书、学业、婚姻、子女，填满了太炎的时问，他在二十七岁时交上一个腹笥充盈的好友夏曾佑。夏氏也是他的同乡，比太炎大五岁，和梁启超、谭嗣同为莫逆之交。夏曾佑辩才无碍，颇多怪论，两人怪得相似、怪成一处，后来太炎更怪得出奇，不无夏氏的影子。夏曾佑精研《成唯识论》，认为只有法相宗才算真佛学，他劝太炎买佛教典籍来研读，且一再叮嘱。他是第一个劝太炎读佛典的人。
甲午战争爆发，中国一败涂地，次年暮春签订《马关条约》，大清朝只是金玉其外、败絮其中，内忧外患一时俱来，民情震恐。康有为恰值在京应试，遂联合各省举人发动公车上书。稍后，呈递《上清帝第四书》提出“设议院以通下情”的主张。八月中旬，筹建强学会，秋季正式成立。
也是在甲午战败的刺激下，太炎才开始集中浏览东洋西洋书籍，强学会得到张之洞的支持，予以拨款襄助。对于此会的构架，康有为是以财务垫定为经、名人要人担纲为纬，南北两处开设，即北京强学会及上海强学会。太炎递交十六圆银元会费，就近加入上海强学会。加入的原因，因康氏所有议策，对于知识阶层具有巨大吸引力，太炎也不例外。
康有为的政治主张，隐藏在其《新学伪经考》中。当时，该书已出版五年，悬挂公羊派的旗号，宣扬托古改制思想。他以为这个时候的汉学乃王莽新朝所遗，古文经传，都是伪造，其学说来源于清中期经学家刘逢禄。刘氏以《春秋公羊传》为中心，承接董仲舒、何休学说，强调务通大义，不专章句。到康有为那里，更加恣肆不羁，在清末颇吸人耳目。早年曾过杭州，把他的书拿给俞樾看，俞樾笑着给太炎说，你还说你私淑刘歆刘子骏，这位康有为专门与刘歆为敌，你俩真是冰炭水火啊。P10-12