"本书是一部关于抗病毒药物发现技术、方法和策略及其应用的著作，按照内容分为六个部分，前三部分为抗病毒药物发现过程中所涉及的主要实验技术方法与虚拟药物筛选技术方法，后三部分为基于实验技术方法和计算技术方法的抗病毒药物发现中的应用。每一部分又按章节进行介绍，自成体系。对于每一具体实验技术方法，首先介绍其目的和原理，操作步聚和结果评价，改进的关键内容及广泛的文献资料。计算技术方法涉及数据资源、不同维度的虚拟筛选方法及网络药理学技术方法，基本反映了当前常用的和先进的计算方法，对于年青的学者有一定的参考意义。
基于抗病毒实验技术方法和计算方法，我们选择了三个方面的研究成果，分别为靶向病毒蛋白的药物发现与抗病毒药效研究，靶向宿主关键蛋白的药物发现与体内抗病毒药效机制研究和基于虚拟筛选与网络计算的抗病毒药物发现与药效确证研究，以期发挥抛砖引玉的效果。
本书实验与计算相结合，应用于抗病毒药物的发现研究，不仅可以提高药物发现的速度，降低研发成本，还可以提高药物发现的几率，缩短药物研发周期。更重要的是，这种实验与计算相结合的模式，同样适用于其他疾病的药物发现。
本书旨在为药理学家、信息学家和工作在一线的实验药理学和计算药理学领域的有关工作人员提供帮助， 同时也可以使读者通过本书认识抗病毒药理学实验方法、计算机辅助药物发现方法的概况。因此，本书不仅适合于从事抗病毒药理学研究的专业人员，也可以为医药院校的学生、从事药物研发研究以及其他相关的生命科学工作人员提供参考。
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绪论....................................................................................................................................................................1

第一部分　病毒制备实验技术方法
第一章　鸡胚培养法................................................................................................................................ 11
第一节　概况 ...................................................................................................................................... 11
第二节　接种技术............................................................................................................................. 11

第二章　动物接种法................................................................................................................................16
第一节　概况 ......................................................................................................................................16
第二节　动物接种.............................................................................................................................16
第三节　样本的收集与处理 ..........................................................................................................17

第三章　组织培养法................................................................................................................................20
第一节　概况 ......................................................................................................................................20
第二节　单层细胞培养....................................................................................................................20
第三节　类器官培养 ........................................................................................................................23

第四章　空斑及空斑减少中和试验 ..................................................................................................27
第一节　概况 ......................................................................................................................................27
第二节　材料 ......................................................................................................................................27
第三节　空斑滴定试验....................................................................................................................28
第四节　空斑减少中和试验 ..........................................................................................................28

第五章　红细胞凝集及凝集抑制试验 .............................................................................................30
第一节　概况 ......................................................................................................................................30
第二节　红细胞悬液制备...............................................................................................................30
第三节　红细胞凝集试验...............................................................................................................33
第四节　红细胞凝集抑制试验......................................................................................................36
第五节　红细胞凝集抑制试验抗体检测...................................................................................39


第二部分　新药发现与药理学评价
抗病毒药物研发原理：快速发现技术与应用实践
X
第六章　流感病毒神经氨酸酶抑制活性评价...............................................................................47
第七章　流感病毒内切酶抑制活性评价 ........................................................................................50
第八章　流感病毒血凝素抑制活性评价 ........................................................................................53
第九章　宿主关键蛋白 CLK1抑制活性评价...............................................................................56
第十章　新型冠状病毒 3CLpro抑制活性评价...............................................................................59
第十一章　病毒诱导的细胞病变效应抑制活性评价..........................................................................................61
第十二章　流感病毒感染小鼠模型及药效评价..........................................................................65
第十三章　RT-PCR检测技术.............................................................................................................68
第十四章　炎症因子检测......................................................................................................................72

第三部分　虚拟筛选与网络计算方法
第十五章　虚拟筛选的计算资源介绍 .............................................................................................77

第一节　引言 ......................................................................................................................................77
第二节　化合物库资源....................................................................................................................78
第三节　靶标库资源 ........................................................................................................................90
第四节　虚拟筛选在线工具 ..........................................................................................................96

第十六章　基于受体结构的虚拟筛选 ...........................................................................................103

第一节　引言 ....................................................................................................................................103


第二节　分子对接...........................................................................................................................103
第三节　分子动力学模拟.............................................................................................................107
第四节　全新药物设计.................................................................................................................. 110

第十七章　基于配体结构的虚拟筛选 ........................................................................................... 114
第一节　引言 .................................................................................................................................... 114
第二节　2D/3D相似度搜索......................................................................................................... 114
第三节　药效团搜索 ...................................................................................................................... 118
第四节　机器学习与深度学习....................................................................................................120

第十八章　基于网络方法的虚拟筛选 ...........................................................................................128
第一节　引言 ....................................................................................................................................128
第二节　网络近邻法 ......................................................................................................................129
第三节　其他网络方法..................................................................................................................129

第十九章　网络药理学的技术方法 ................................................................................................132

第一节　引言 ....................................................................................................................................132

第二节　网络药理学相关理论....................................................................................................132
第三节　网络药理学常见数据库、软件及分析方法..........................................................133
第四节　网络药理学研究实践流程 ..........................................................................................139

第四部分　靶向病毒蛋白的药物发现
第二十章　流感病毒神经氨酸酶（NA）抑制剂高通量筛选模型的建立与应用......145第一节　引言 ....................................................................................................................................145第二节　流感病毒 NA抑制剂筛选模型的建立 ....................................................................146第三节　流感病毒 NA抑制剂的高通量筛选.........................................................................154
第二十一章　流感病毒 RNA聚合酶的内切酶抑制剂筛选模型的建立与新药
　　　　　　发现 ..................................................................................................................................158
第一节　引言 ....................................................................................................................................158
第二节　流感病毒 RNA聚合酶的内切酶抑制剂高通量筛选模型的建立...................158
第三节　PA抑制剂的理性筛选与新药发现...........................................................................163
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................167

第二十二章　细皱香薷中抗流感病毒活性成分的提取分离与活性评价.......................169
第一节　引言 ....................................................................................................................................169
第二节　细皱香薷中抗流感病毒活性成分的提取分离与结构鉴定 ..................................169
第三节　抗流感病毒有效成分的评价......................................................................................172
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................175

第二十三章　苏木中抗流感病毒活性成分的提取分离与活性评价.................................177
第一节　引言 ....................................................................................................................................177
第二节　苏木中抗流感病毒活性成分的提取分离与结构鉴定.......................................177
第三节　抗病毒有效成分的评价...............................................................................................180
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................182

第二十四章　猴耳环等中药中抗流感病毒活性成分研究 ....................................................184
第一节　引言 ....................................................................................................................................184
第二节　猴耳环中抗流感病毒活性成分研究........................................................................184
第三节　虎杖中抗流感病毒活性成分研究 ............................................................................187
第四节　买麻藤中抗流感病毒活性成分研究........................................................................189
第五节　甘草中抗流感病毒活性成分研究 ............................................................................191

第二十五章　黄酮类化合物作为流感病毒 NA抑制剂的构效关系分析 ........................195
第一节　引言 ....................................................................................................................................195
第二节　黄酮类化合物抗流感病毒活性评价........................................................................195
第三节　黄酮类化合物抑制 NA的构效关系分析................................................................201

目　　录

第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................202

第二十六章　临床常用中成药体外抗流感病毒作用再评价 ...............................................206

第一节　引言 ....................................................................................................................................206

XII
第二节　临床常用中成药流感病毒 NA抑制活性评价 ......................................................206
第三节　细胞水平抗流感病毒活性评价.................................................................................209
第四节　讨论与结论 ...................................................................................................................... 211

第五部分　靶向宿主蛋白的药物发现
第二十七章　宿主蛋白 CLK1抑制剂筛选模型的建立与新药发现.................................215

第一节　引言 ....................................................................................................................................215
第二节　宿主蛋白 CLK1抑制剂筛选模型的建立 ...............................................................216
第三节　CLK1抑制剂的抗流感病毒活性..............................................................................221

第二十八章　围涎素体内抗流感病毒药效及其作用机制研究 ..........................................225

第一节　引言 ....................................................................................................................................225
第二节　围涎素体内抗流感病毒药效......................................................................................225
第三节　围涎素抗流感病毒机制研究......................................................................................230

第六部分　基于虚拟筛选与网络计算的药物发现
第二十九章　基于机器学习的流感病毒 NA抑制剂预测模型的建立与新药发现.....241
第一节　引言 ....................................................................................................................................241

抗病毒药物研发原理：快速发现技术与应用实践

第二节　NA抑制剂预测模型的建立........................................................................................241
第三节　NA抑制剂的预测与活性 ............................................................................................250
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................252

第三十章　基于机器学习的新型冠状病毒 3CLpro抑制剂的发现与体外抗病毒
　　　　　活性验证..............................................................................................................................254
第一节　引言 ....................................................................................................................................254
第二节　新型冠状病毒 3CLpro抑制剂预测模型的建立......................................................254
第三节　3CLpro抑制剂的预测与实验验证..............................................................................260
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................265

第三十一章　基于网络邻近法和宿主 -病毒相互作用组的抗流感病毒药物发现.....267
第一节　引言 ....................................................................................................................................267
第二节　基于网络邻近法和宿主 -病毒相互作用组的抗流感病毒药物发现............267
第三节　苗头药物体外抗流感病毒活性评价........................................................................270
第四节　苗头药物抗流感病毒的初步机制研究...................................................................276

第五节　讨论与结论 ......................................................................................................................280

第三十二章　基于网络邻近法和宿主 -病毒相互作用组的抗新型冠状病毒药物
　　　　　　发现 ..................................................................................................................................282
第一节　引言 ....................................................................................................................................282
第二节　基于网络邻近法的抗新型冠状病毒药物发现.....................................................283
第三节　抗新型冠状病毒活性验证与机制探讨...................................................................291
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................293

第三十三章　沙美特罗体内外抗甲型流感病毒的药效确证与机制研究.......................296
第一节　引言 ....................................................................................................................................296
第二节　沙美特罗体内外抗甲型流感病毒的药效作用.....................................................296
第三节　沙美特罗抗流感病毒作用机制.................................................................................300
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................306

第三十四章　复方一枝蒿抗流感有效成分的预测与网络机制研究.................................310
第一节　引言 ....................................................................................................................................310
第二节　化合物 -靶标相互作用预测模型的建立和 CYZH有效成分预测.................310
第三节　复方一枝蒿抗流感有效成分的预测与验证..........................................................318
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................323

第三十五章　小柴胡汤抗人冠状病毒感染的物质基础与网络机制研究.......................326
第一节　引言 ....................................................................................................................................326
第二节　小柴胡汤抗人冠状病毒感染的有效成分发现.....................................................328
第三节　小柴胡汤抗人冠状病毒感染的网络机制研究.....................................................341
第四节　讨论与结论 ......................................................................................................................345

附录................................................................................................................................................................349

致谢................................................................................................................................................................372

目　　录