《新世纪福音战士》简称《EVA》，漫画版由该动画的人物设定和作画监制——有名漫画大师贞本义行根据原动画改编而成。《新世纪福音战士》连载长达十年，它在日本掀起巨大回响与冲击，并成为日本动画目前的一座里程碑。许多动漫欣赏者常视其为日本历史中伟大的动漫之一。曾被誉为是继《机动战士GUNDAM》之后，第二次伟大的漫画冲击，在动漫界掀起巨大的反响。

《新世纪福音战士.1,使徒、来袭》
公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的联合国军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但全部失败。就连威力蕞大的N2炸弹，也只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信，被其父呼唤至第三新东京市地下的 NERV 本部。面对许久不见的儿子，碇司令所说的只是：“坐上EVA。”真嗣拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定……
《新世纪福音战士.2,短刀与少年》
面对冷漠的父子态度，美里提出要与真嗣同住的要求，并且对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口……在没有受过特殊训练的情况下，真嗣与EVA 达成同步并和使徒作战。因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在遭到使徒的攻击后，为保护同学，冒险作出了一个决定……
《新世纪福音战士.3,白色伤痕》
绫波丽是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲交谈，于是对丽产生了兴趣。第五使徒袭来，刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击……
《新世纪福音战士.4,明日香、来日》
新的使徒来袭，真嗣和明日香奉命出击，却因为默契太差而被打得落花流水。为此，美里提出了一套作战方式，要求两人必须住在同一所房子里，从而培养出超佳的默契。通过培训，真嗣看到了明日香的另一面，也改变了对她的看法！