本书为Humana Press出版的“分子生物学方法”(Methods in MolecularBiology)系列丛书之一，原书作者都是相关领域的专家，针对基孔肯雅病毒研究相关的实验技术方法，以标准操作规程(SOP)的体例，从基本概念、实验原理到具体操作步骤，进行了详尽描述。本书内容涵盖了临床和诊断病毒学、细胞和病毒培养实验技术及细胞应答研究中的生物信息学与蛋白质组学方法、免疫学和动物模型研究、抗病毒药物和疫苗研发。
本书可供从事病毒学基础研究与临床检测的科研人员，以及从事病毒学相关学习和研究的本科生、硕士及博士研究生参考使用。

第一部分 临床和诊断病毒学
第一章 基孔肯雅病毒进化和流行病学
1.1 引言
1.2 病毒的传播循环和媒介
1.3 病毒的历史和起源
1.4 2004年以来基孔肯雅病毒的流行病学和感染传播情况
1.5 基孔肯雅病毒在西半球的感染情况
1.6 结语
参考文献
第二章 基孔肯雅病毒分子流行病学
2.1 引言
2.2 材料
2.2.1 病毒RNA的提取
2.2.2 一步法反转录-聚合酶链反应(One-step RT-PCR)
2.2.3 聚合酶链反应(PCR)产物的琼脂糖凝胶电泳和纯化
2.2.4 测序反应
2.2.5 PCR测序产物的纯化
2.3 方法
2.3.1 病毒RNA的提取
2.3.2 一步法RT-PCR
2.3.3 琼脂糖凝胶电泳和纯化PCR产物
2.3.4 测序反应
2.3.5 纯化循环测序产物
2.3.6 测序数据编辑
2.3.7 系统发育树的构建
2.4 注释
参考文献
第三章 高级遗传方法学在基孔肯雅病毒进化和传播追踪溯源研究中的应用
3.1 引言
3.2 材料
3.3 方法
3.3.1 序列生成
3.3.2 从公共数据库获得序列
3.3.3 多序列比对
3.3.4 序列多态性和基因突变分析
3.3.5 中值连接进化网络的构建
3.3.6 生成一个时间尺度的贝叶斯系统发育树,并通过BEAST软件包计算目标序列到最近的共同祖先的时间(tMRCA
)
以确定祖先的年代
3.3.7 BEAST跟踪输出的可视化
3.3.8 用BEAST系统发育树输出方式构建最大分支可信度树
3.3.9 一致最大分支可信度树的可视化
3.3.10 通过BEAST2软件进行系统地理学分析来确定病毒株时空传播特点
3.3.11 用SPREAD软件使系统地理学输出可视化
3.4 注释
参考文献
第四章 基于合成肽的抗体检测方法诊断有无神经系统并发症的基孔肯雅病毒感染
4.1 引言
4.2 材料
4.2.1 单向电泳
4.2.2 双向电泳
4.2.3 电洗脱
4.2.4 液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)分析
4.2.5 多肽合成
4.2.6 酶联免疫吸附试验(ELISA)
4.3 方法
4.3.1 单向电泳
4.3.2 双向电泳
4.3.3 电洗脱
4.3.4 蛋白液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)分析
4.3.5 多肽合成
4.3.6 酶联免疫吸附试验(ELISA)
4.4 注释
参考文献
第五章 E2糖蛋白在Sf9昆虫细胞的表达和纯化及其在血清学中的应用
5.1 引言
5.2 材料
5.2.1 昆虫表达组件的构建
5.2.2 Sf9细胞的维持及E2糖蛋白的瞬时表达
5.2.3 在昆虫细胞中稳定表达E2糖蛋白
5.2.4 稳定表达细胞的冻存
5.2.5 自然分泌CHIKV-E2的纯化
5.2.6 基孔肯雅病毒的血清学诊断
5.3 方法
5.3.1 构建昆虫表达组件
5.3.2 Sf9细胞的维持和E2糖蛋白的瞬时表达
5.3.3 E2糖蛋白在昆虫细胞中的稳定表达
5.3.4 稳定细胞的低温保存
5.3.5 纯化自然分泌的CHIKV-E2蛋白
5.3.6 CHIKV的血清学诊断
5.4 注释
参考文献
第六章 基于血清学工具的CHIKV感染诊断方法
6.1 引言
6.2 材料
6.3 方法
6.3.1 血清样品的准备
6.3.2 血清和病毒混合液的准备
6.3.3 细胞培养
6.3.4 用中和过的病毒感染细胞
6.3.5 计算结果
6.4 注释
参考文献
第七章 使用咽拭子及尿液标本诊断基孔肯雅病毒感染及其评价
7.1 引言
7.2 材料
7.2.1 病毒检测
7.2.2 ELISA检测IgM抗体
7.2.3 体外病毒分离
7.2.4 体内病毒分离
7.3 方法
7.3.1 通过分子生物学技术和测序分析检测病毒基因组
7.3.2 IgM抗体捕获-ELISA血清学检测
7.3.3 体外病毒分离
7.3.4 体内病毒分离
7.4 注释
参考文献
第二部分 细胞培养?病毒复制和细胞反应
第八章 用蚊子细胞扩增基孔肯雅病毒
8.1 引言
8.2 材料
8.2.1 培养C6/36细胞
8.2.2 病毒扩增
8.3 方法
8.3.1 培养C6/36细胞
8.3.2 病毒扩增
8.4 注释
参考文献
第九章 基孔肯雅病毒感染的定量分析——病毒蚀斑试验
9.1 引言
9.2 材料
9.3 方法
9.3.1 收集用于蚀斑试验的样本
9.3.2 接种BHK-21细胞于24孔板
9.3.3 蚀斑试验
9.4 注释
参考文献
第十章 实时RT-PCR检测与定量分析基孔肯雅病毒
10.1 引言
10.2 材料
10.2.1 寡核苷酸序列
10.2.2 病毒RNA提取
10.2.3 常规RT-PCR
10.2.4 PCR产物的琼脂糖凝胶电泳及纯化
10.2.5 体外转录合成cDNA
10.2.6 一步法SYBR Green I实时RT-PCR
10.2.7 一步法TaqMan实时RT-PCR
10.3 方法
10.3.1 病毒RNA提取
10.3.2 体外转录PCR产物的制备
10.3.3 琼脂糖凝胶电泳及PCR产物纯化
10.3.4 体外转录
10.3.5 RNA转录物的纯化
10.3.6 总RNA产量的计算
10.3.7 体外转录RNA拷贝数测